累官左軍都督。永曆四年（1649），統領
李定國旗下龍驤營，鎮守
遵義。又代替
狄三品鎮守嘉定（今四川
樂山）。
祁三昇堅定站在李定國一方，拒絕
孫可望的徵召。孫可望大怒，派兵追擊，祁三昇且戰且走，輜重丟失殆盡，終於在1656年十月到達
昆明。
永曆帝深表嘉許，封為鹹寧伯。
交水之戰，功列第二，僅次於
竇名望。平叛之後晉升鹹寧侯。
清軍進入貴州，祁三昇屯雞公背，扼守貴州，但是駐紮在這險要之地數萬軍隊的糧草很難供應，清軍進攻時，明軍棄險自動撤退，祁三昇見軍心不穩，也只好隨軍撤退。
永曆帝出昆明，祁三昇以右路將軍護駕
永昌府，削爵。永曆帝到緬甸，祁三昇率軍上書迎駕，被
馬吉翔拒絕，祁三昇只好痛哭回師。
祁三昇後與李定國不和，受
吳三桂招降，永曆十五年（1660），降清，官至貴州
提督。祁三昇降清任吳三桂後營總兵，“其兵為滇南諸營最”，連康熙帝也“頗聞三昇勇”，讓冊封使者同他會見，以便回京講敘其人。
