直接篩選

直接篩選即用基因組DNA直接從cDNA文庫中篩選位於該基因組片段內的cDNA，如從覆蓋有候選區域的YAC、PAC、BAC克隆中分離外源片段作為探針從文庫中篩選候選基因;而cDNA選擇法恰恰與直接篩選法相反，它把基因組DNA固定在膜上，用總cDNA與之雜交，通過PCR從中回收可與基因組片段結合的cDNA片段。

缺點是大片段地純化，標記較困難，而PAC、BAC克隆片段純化相對方便的優點就成為這種方法發展的趨勢;同時由於探針的複雜性，使雜交背景加深，假陽性增多，而且容易忽略短的外顯子或低豐度cDNA。cDNA選擇法的最大優越性在於PCR反應的介入，大大提高了選擇的靈敏度，可以檢測到一些稀有轉錄子。