生物信息學(2014年高等教育出版社出版的圖書)

《生物信息學》是由劉娟主編，高等教育出版社2014年出版的普通高等教育“十一五”國家級規劃教材。該書作為生命科學、計算機科學等相關專業的教材使用，也可供相關科研人員參考使用。

全書共分十一章，主要介紹了相關資料庫和軟體的功能、套用策略和使用方法等內容，具體內容包括核酸與蛋白質序列數據資源、序列比較與相似序列搜尋、分子系統發育分析、基因組結構注釋、蛋白質結構分析、蛋白質序列分析、Microarray基因表達數據分析、蛋白質組數據分析、生物信息學在疾病相關基因與藥物發現中的套用，以及生物信息導航資源等。

基本介紹

• 書名：生物信息學
• 作者：劉娟
• 類別：普通高等教育“十一五”國家級規劃教材
• 出版社：高等教育出版社
• 出版時間：2014年12月29日
• 頁數：312 頁
• 開本：16 開
• 裝幀：平裝
• ISBN：978-7-04-040975-8
• 版面字數：460千字
• CIP核字號：2014204427

成書過程

編寫情況

《生物信息學》由來自4所高校的7位教師編寫而成，具體分工如下：第一、二、三章由華中科技大學陸楓編寫，第四章由西北農林科技大學馬闖編寫，第五章由華中科技大學李論、陸楓編寫，第六章由華中科技大學段謨傑和武漢大學羅飛編寫，第七章由華中科技大學陸楓和武漢大學劉娟編寫，第八章由中南民族大學周到、華中科技大學陸楓和武漢大學劉娟編寫，第九章由武漢大學劉娟、羅飛和華中技大學陸楓編寫，第十章由武漢大學劉娟、羅飛和華中科技大學李論、陸楓編寫第十一章由武漢大學羅飛編寫。全書所有章節由劉娟統稿並編撰習題。劉娟和羅飛對該書全部內容進行了校對審核。

出版工作

2014年12月29日，《生物信息學》由高等教育出版社出版。

出版社工作人員

策劃編輯	責任編輯	封面設計	責任印製
王莉	孟麗	姜磊	尤靜

內容簡介

《生物信息學》全書共分11章，主要介紹了相關資料庫和軟體的功能、套用策略和使用方法等。

其中第一章介紹了生物信息學的發展歷史和該書的主要內容；第二章介紹了常用的序列資料庫資源及如何從資料庫中獲取序列數據；第三章介紹了序列比對的基本概念、經典的序列比對算法以及有關序列對工具的使用方法等；第四章介紹基因結構的預測方法和Ensembl的基因組結構注釋流程；第五章系統發生樹的基本概念以及分子系統發生樹的構建方法；第六章介紹了蛋白質結構的相關知識以及蛋白質結構的預測方法；第七章介紹了蛋白質序列分析方法與蛋白質功能預測方法；第八章介紹了微陣列數據的有關概念和微陣列數據的分析方法；第九章主要介紹了蛋白質質譜數據分析方法和蛋白質－蛋白質互作預測方法等；第十章主要介紹了疾病相關的數據資源和疾病基因發現的生物信息學方法；第十一章介紹了SNP晶片及深度測序的基本概念；其次，各章都配有一定數量的思考題。

教材目錄

前言 1 緒言 1.1 生物信息學的發展歷史 1.2 本書內容簡介 1.3 貫穿本書的例子 2 序列數據資源 2.1 分子生物學資料庫 2.2 序列數據存儲格式 2.3 核酸序列資料庫 2.4 蛋白質序列資料庫 2.5 基因組數據資源 2.6 數據的檢索與獲取 思考題 3 序列比對與比對搜尋 3.1 基本概念 3.2 Dayhoff模型：可接受點突變 3.3 比對算法：全局和局部 3.4 雙序列比對的顯著性 3.5 局部比對搜尋基本工具BLAST 3.6 尋找遠緣相關的蛋白質：PSI-BLAST 3.7 模式識別BLAST（PHI-BLAST） 3.8 用BLAST來發現新基因 思考題 4 基因組結構注釋 4.1 引言 4.2 基於EST序列數據識別基因結構 4.3 基因結構預測的統計學建模方法 4.4 基因組結構的自動注釋 思考題 5 分子系統發生分析 5.1 分子水平的進化介紹 5.2 基本概念 5.3 分子系統發生樹的構建 思考題 6 蛋白質結構 6.1 蛋白質結構 6.2 蛋白質結構資料庫和結構可視化 6.3 蛋白質結構分析 6.4 蛋白質結構預測

思考題 7 蛋白質序列分析與功能預測 7.1 引言 7.2 功能描述 7.3 基於序列相似性的功能預測 7.4 基於蛋白質信號的功能預測 7.5 基於蛋白質序列特徵的功能預測 7.6 功能預測的其他思路 思考題 8 微陣列數據分析 8.1 微陣列 8.2 數據預處理 8.3 差異表達基因的檢測 8.4 微陣列數據的分類分析方法 8.5 構建基因調控網路 8.6 微陣列數據與分析軟體 思考題 9 蛋白質組數據分析 9.1 二維凝膠電泳數據分析 9.2 蛋白質質譜數據分析 9.3 蛋白質互作生物信息學 9.4 分析細胞通路的生物信息學方法 思考題 10 疾病相關研究 10.1 疾病基因相關研究的概述 10.2 疾病相關的數據資源 10.3 疾病基因發現 思考題 11 SNP晶片及深度測序數據分析 11.1 SNP簡介 11.2 結構變異 11.3 SNP實驗簡介 11.4 深度測序技術 11.5 序列數據基本格式 11.6 實例數據分析 思考題 參考書目 著作權

（註：目錄排版順序為從左列至右列 ）

教學資源

• 課程資源

《生物信息學》有配套的數字課程，該課程包括全書彩圖、重要資料庫連結和簡介、重要生物信息統計分析軟體功能簡介、科學故事四大類。

課程名稱	出版社	出版時間	內容提供者
“生物信息學”數字課程	高等教育出版社、高等教育電子音像出版社	2014年11月	劉娟等

教材特色

• 該書圍繞生物信息學研究與套用的主要內容，以實例介紹了相關資料庫和軟體的功能、套用策略和使用方法。
• 該書綜合介紹了生物信息學研究解決的問題、基本方法、現有成果與存在的問題。
• 該書各章都配有一定數量的思考題。

作者簡介

劉娟，武漢大學計算機學院教授。