《生物信息學與基因組分析入門》是2021年浙江大學出版社出版的圖書。
基本介紹
- 中文名：生物信息學與基因組分析入門
- 作者：李余動
- 出版時間：2021年
- 出版社：浙江大學出版社
- ISBN：9787308209809
- 類別：教材
- 開本：16 開
- 裝幀：平裝-膠訂
內容簡介,圖書目錄,
內容簡介
本書是編者在給生物、食品相關專業學生講授生物信息學課程的基礎上整理編撰而成的。全書共有15章，第1-2章分別為生物學與計算機的基礎知識；第3-10章介紹DNA、RNA以及蛋白質序列分析，為生物信息學的基本理論與方法；第11-15章介紹下一代測序（NGS）數據分析方法及其套用，如基因組組裝、基因變異檢測、轉錄組測序（RNA-seq）、宏基因組學等。
圖書目錄
第1章 分子生物學基礎
1.1 生命的基本物質
1.2 基因表達——遺傳信息的流動
1.3 生物序列處理
第2章 計算機技能基礎
2.1 文本編輯器
2.2 網路搜尋
2.3 常用生物軟體
2.4 Windows 10的Linux子系統安裝與使用
第3章 生物資料庫
3.1 NCBI綜合資料庫
3.2 一級資料庫與二級資料庫
3.3 NCBI查找胰島素基因序列
第4章 序列比對（alignment）
4.1 序列比對基礎
4.2 動態規划算法（dynamic programming）
4.3 全局比對與局部比對
4.4 多重序列比對
4.5 雙序列比對實踐
4.6 BioEdit進行多序列比對、編輯與美化
第5章 序列資料庫搜尋（BLAST）
5.1 BLAST算法
5.2 NCBI網站BLAST搜尋
5.3 本地BLAST
第6章 系統發育樹(Phylogenetic Tree)
6.1 分子系統發育樹的基本概念
6.2 分子系統發育樹的構建方法
6.3 MEGA構建進化樹實訓
第7章 蛋白質結構預測
7.1 蛋白質三維結構的確定方法
7.2 蛋白質三維結構資料庫
7.3 蛋白質三維結構可視化
7.4 蛋白質三維結構的同源建模
第8章 PCR引物設計（PCR Primer Design）
8.1 引物設計原則
8.2 實時螢光定量PCR技術的原理與方法
8.3 Primer Premier5的使用
第9章 DNA測序（DNA Sequencing）
9.1 DNA測序方法
9.2 鹼基讀取（Base Calling）
9.3 Sanger測序結果分析
第10章 基因組學
10.1 基因組測序策略
10.2 基因組組裝與注釋
10.3 模式生物基因組
10.4 微生物基因組比對與可視化
第11章 下一代測序基礎
11.1 NGS測序文庫製備
11.2 Ilumina測序原理
11.3 NGS數據的質量控制
11.4 測序數據質控分析實踐
第12章 全基因組重測序(Whole Genome Resequencing)
12.1 短讀段比對（Reads Mapping）
12.2 變異識別（Variants Calling）
12.3 全基因組重測序分析實踐
第13章 基因組組裝（Genome Assembly）
13.1 基因組組裝的影響因素及測序策略
13.2 序列組裝過程
13.3 組裝質量的評價
13.4 基因組組裝實踐
第14章 轉錄組測序（RNA-Seq）
14.1 RNA-Seq實驗設計及測序策略
14.2 RNA-Seg數據分析流程
14.3 RNA-Seq數據分析實踐
第15章 宏基因組學（Metagenome）
15.1 基於NGS的兩種宏基因組研究策略
15.2 實驗設計與測序的影響因素
15.3 擴增子測序數據分析
15.4 16S rDNA擴增子數據分析實踐
參考文獻
