環境工程實驗室是在原南京化工大學的環境監測實驗室以及原建築工程學院的環境微生物實驗室的基礎上，進行資源整合、最佳化而成。
經過學校不斷的經費投入與管理建設，實驗室進一步形成了環境監測、環境微生物、環境專業實驗室（包括環境科學、環境工程專業實驗）三個功能相對獨立、可開設環境科學、環境工程各類專業基礎以及專業實驗的實驗室，並統一歸於城市建設與安全環境學院實驗中心管理。
隨著環境學科的不斷發展，以及學校的投入，現今的環境科學與工程實驗室在實驗室面積、儀器設備的檔次與精度等方面有了很大的提高，實驗室面積從最初的約180m2發展到目前的約600 m2，同時，購置了原子吸收光譜儀（AAS）、高效液相色譜(HPLC)、氣相色譜（GC）等儀器，極大的改善了實驗室的硬體條件。目前，實驗室每年可平均為180名/年開設實驗，環境工程專業開設19個實驗項目，環境科學專業18個實驗項目，各專業綜合性設計性實驗的開出率達到80%以上。同時，在實驗開設中由長期從事本科教學的專業教師進行實驗的設計與開設，並把購置的大型實驗儀器如AAS等套用到實驗項目中，這在很大程度上提高了實驗的教學質量。
同時，實驗室的建設促進了學科的建設與發展。每年，實驗室可安排約100名的學生進行本科畢業論文實驗，學生大膽、創新的實驗項目的開設，極大地提高了學生的動手能力、激發了學生的學習熱情，為他們走上工作崗位奠定了良好的基礎，並提高了他們的學術水平。與此同時，實驗室還為研究生培養提供了較好的實驗基礎條件。
