潛在問題分析是對方案執行過程中可能會出現的問題及這些問題一旦出現後會產生什麼影響與危害，應準備哪些防範措施和應急措施，以減少那些潛在問題出現的可能性和危害性的系統分析方法。潛在問題由於是隱藏在事物背後或深層的矛盾萌芽，不那么容易看出，而且它又不在決策的直接目標範圍之內，因此極易被人們所忽視。科學決策應重視對潛在問題的分析與防範，只有做好這項工作，才可以防患於未然，保證決策的連續性和成功的可能性。
在進行潛在問題分析時，應考慮如下問題：(1)未來可能發生哪些問題?(2)發生的問題對決策目標有何影響?(3)發生這些問題的可能原因是什麼?(4)可採取哪些預防措施? (5)可採取哪些應變措施，以減少對決策目標的影響?(6)怎樣保證應變措施的實施?對潛在問題進行分析並制定應變措施時，一般採取下列步驟：(1)要預計某項決策方案執行中和執行後可能會出現哪些不希望發生的問題，運用科學的方法預測未來可能會出現的困難，對最有可能出現的問題要特別引起注意。(2)評價潛在問題的危險性，即按其危險度對潛在問題進行排隊分類。(3)制定預防措施。即根據危險度的分類，決定是否採取預防措施和應該採取哪些預防措施，並把這些措施列入決策方案的實施計畫中去，使之逐項落實。(4)準備應急措施，對可能出現嚴重不良後果的問題，除採取預防措施外，還應準備一定的應急措施，以便萬一問題發生時，可立即採用這些應急措施進行補救。
