“馬約翰杯”，以曾經為清華大學體育文化做出重大貢獻的馬約翰教授命名。經過歲月的洗禮，它已經成為清華大學校園文化的重要組成部分。
目的,意義,
目的
它面向全體學生，塑造全體學生，使全體學生受益，是學校體育的精髓。“馬約翰杯”學生運動會的賽制就是在此認識的基礎上結合我校學生的現狀而形成的思路，目的是使儘可能多的學生參與到競賽中去，在比賽中獲得強烈的情感體驗，包括對勝負的承受力，對集體榮譽的崇尚和尊重，對團隊力量的體驗及意志方面的錘鍊等等。這對吸納更多的學生參與體育活動，對學生全面素質的培養和身心健康的促進具有針對性和實效性。我們力求使“馬約翰杯”給學生帶來終身難忘的回憶。
“馬約翰杯”的現行賽制是從1997—1998學年度開始的，最初只有群體項目、越野賽和田徑三個大項，1998—1999學年度納入了十四個大項；1999—2000學年度納入了二十四個運動項目和三個表演項目……
短短的幾年，“馬約翰杯”便聞名遐爾，為清華人所矚目，因為她能夠顯示出清華精神。現在，競賽機制已經成熟，四十二個運動項目，幾乎容納了校園內能夠開展的，有民眾基礎的所有運動項目。
這對學生來說，無論你有那種體育愛好、那種體育特長，都將有用“武”之地，都能以“武”會友，都能一展青春年華時笑傲賽場的風采。對各院、系來說，組織、動員、宣傳、後勤等各項工作環環相扣，絲毫不能鬆懈，這對學生骨幹的素養和能力提出了新的要求，是學生骨幹勇於挑起重擔，勇於直面困難，憑藉努力，精心組織，取得成功的實實在在的鍛鍊和提高。
奪取“馬約翰杯”不僅僅是一個清華體育方面的最高榮譽，而且也是對一個院、系學生工作水平、凝聚力、甚至是院系綜合實力的全面衡量。
意義
清華大學各項事業蓬蓬勃勃、蒸蒸日上。我們就是要把學校努力建設世界一流大學和各院、系大發展的氣勢顯現於“更快、更高、更強”之中，人人都要有積極進取、奮勇爭先的理念和行動。讓全體學生通過“馬約翰杯”的比賽了解體育、參與體育、熱愛體育、融入體育、享受體育。
學校群體競賽工作要以“馬約翰杯”為龍頭，以競賽為主線，以單項體育協會和體育課所開設的項目為主要競賽內容，並以包含新生運動會、馬拉松越野賽和研究生運動會在內的設項原則為支撐，構成貫穿全年的競賽體系。同時也試行把本院系的教職工及本院系畢業三年以上的校友容納進“馬約翰杯”的新體系，以拓展“馬約翰杯”運動會的內涵，使“馬約翰杯”運動會的關注面、支持面和參與面覆蓋清華園並延伸至社會，使體育與健康成為所有清華人事業的支撐和交往的紐帶之一。
清華人歷來崇尚體育，追求身心健康已成為“人人關注、人人參與、人人體驗、人人享受”的成才階梯。今天的“馬約翰杯”是新時期清華校園文化的一道亮麗的風景線，是清華人文與體育相契合的一大特色。“馬約翰杯”會給每個清華學子留下永恆的烙印，“馬約翰杯”情結將伴隨清華人終生。
近年來，隨著“大清華”概念的提出，校方鼓勵已畢業三年以上的校友、在校教職工人員積極參加到馬杯競賽中來，他們的加入是清華體育文化傳統延續性和普及性的良好體現。
