基因座（locus，loci）又稱座位。基因在染色體上所占的位置。在分子水平上，是有遺傳效應的DNA序列。一個基因座可以是一個基因，一個基因的一部分，或具有某種調控作用的DNA序列。基因座與位點（site）不同，後者是一個順反子內部的突變位置，可以小到一個核苷酸對。
基因座是染色體上的固定部位，編碼在相同基因座上的DNA被稱為等位基因。一些基因座上的等位基因具有明顯的個體差異，因此它們就像指紋一樣可以確定一個人的身份。（引自《環球科學》2007年第一期《DNA時代的犯罪株連》）在生物學與演化運算（evolutionarycomputation）中，基因座（locus）是指染色體上的固定位置，例如某個基因的所在。而基因座上的DNA序列可能有許多不同的變化，各種變化形式稱為等位基因（allele）。基因座在基因組中的排列位置稱為遺傳輿圖（geneticmap），基因作圖（Genemapping）則是測定基因座與特定性狀關係的過程。
二倍體與多倍體細胞的某些染色體上，在同一基因座上有相同的等位基因，這類細胞稱為同型合子（homozygous）。若是相同基因座上含有不同的等位基因，則稱作異型合子（heterozygous）。
