2006年7月,在泉州衛生學校機能教研室基礎上組建了藥學系，2016年實行二級學院管理，藥學系更改為藥學院。
師資力量,校企合作,
師資力量
據2017年12月藥學院官網顯示學院有專任教師37人，兼職教師24人，專任實驗員6人，專職輔導員6人。專任教師中有教授2人，主任藥師1人，副教授5人、講師11人；有博士4人，碩士28人。
校企合作
學院緊密聯繫行業企業，以校企共建為主要途徑，引企入校、引資入校，以企業化管理、市場化運作的方式，2009年與東南醫藥集團下屬東南醫藥連鎖有限公司合作建立校內藥房實訓基地；創建生物醫藥研究室（安捷倫公司合作實驗室）；2013年福建太平洋製藥有限公司捐贈製藥設備建立校內製藥設備維修與養護車間；擁有包括微生物技術實訓中心、SPF級動物實驗室、校內東南醫藥連鎖藥店、生物藥物研究室、固體劑型、針劑生產的 GMP（藥品生產質量管理規範）車間、生物發酵製藥車間、食品藥品質量檢測中心、靜脈用藥配製中心、製藥仿真軟體套用實訓室、行銷沙盤實訓室等在內的泉州現代生物製藥技術實訓中心及泉州市食品藥品質量檢測中心，校內實訓室面積達12131㎡，擁有氣相色譜儀、液相色譜儀、原子分光光度計、發酵罐等先進的實驗設備。目前中藥標本館、藥理P2實驗室也相繼在建設完善中。
