母體循環中胎兒表觀遺傳學信息靶標的篩選與檢測

《母體循環中胎兒表觀遺傳學信息靶標的篩選與檢測》是依託中山大學，由歐雪玲擔任項目負責人的青年科學基金項目。

基本介紹

• 中文名：母體循環中胎兒表觀遺傳學信息靶標的篩選與檢測
• 項目類別：青年科學基金項目
• 項目負責人：歐雪玲
• 依託單位：中山大學

中文摘要

胎兒親子鑑定是法醫學親子鑑定實踐的重要部分。傳統的鑑定方法均為有創性，對胎兒和孕婦會造成一定的危險。新近研究結果提示：母體血漿中母源性與胎源性DNA之間存在差異甲基化位點，使用甲基化技術能將兩者有效區分；聯合利用位點內的SNP標記，還能對胎兒DNA成分進行SNP分型，有望實現無創性胎兒親子鑑定。但系統的母胎DNA甲基化差異位點尚未明確。因此，本課題擬採用高通量甲基化晶片，以母體血液細胞（MBC）和胎盤絨毛膜（CVS）為研究對象，系統檢測母胎DNA的差異甲基化譜；從中選擇若干含SNP標記的胎兒特異高甲基化位點，利用實時PCR、甲基化特異性PCR（MSP）等技術進行大樣本分析，以確定這些位點在MBC和 CVS中的甲基化模式；並在母體血漿中作進一步驗證，評價其作為母體循環中胎兒表觀遺傳學標記物的特異性、穩定性與靈敏度，期望為建立無創性胎兒親子鑑定以及其他產前診斷方法提供有參考價值的線索。

結題摘要

新近研究表明，母體與胎兒組織DNA之間在存在甲基化位點，聯合利用差異甲基化位點及其附近的SNP 標記，可對母體血漿中胎兒DNA 成分進行分離和SNP 分型。由於該技術目前主要套用於胎兒三體綜合徵的無創性產前診斷研究中，因此研究重點一直在三體多發的13、18、21 號染色體上。本課題採用高通量的450K甲基化晶片（美國Illumina公司），以母體血液細胞（MBC）和胎盤絨毛膜（CVS）為研究對象，在全基因組範圍內系統檢測母胎DNA 的差異甲基化譜。晶片結果顯示，在早、晚期母胎樣品中各有2, 944和5, 218個胎兒特異性高甲基化CpG位點，其中2, 613個CpG位點在早、晚期中均呈胎兒特異性高甲基化狀態，滿足本研究所需。基於晶片結果，我們試驗性的挑選10個共含有27個陽性CpG位點的候選序列，採用亞硫酸氫鹽處理後測序（BSP）進行驗證。選擇條件為：1、多個母胎甲基化差異CpG位點位於一段短DNA片段中；2、目的片段有兩個以上的甲基化敏感性內切酶（MRSE）HinP1I 或HpaII的識別位點；3、目的片段中含1個以上多態性良好的SNP位點。結果提示，BSP驗證與晶片篩選結果基本一致。最後，我們採用MSRE-PCR技術，對PSMB8, SKI and CHST11等三個候選標記物在孕婦血漿中的特異性作了進一步的驗證，結果顯示高甲基化目的序列只存在於孕婦血漿中，而在非孕婦中均未檢出；SNP分型表明，孕婦血漿高甲基化目的片段中的SNP分型與相應的胎兒組織DNA分型一致，進一步證實母體血漿中的高甲基化序列來自於胎兒。本項目為在全基因組範圍內研究母體循環中胎兒表觀遺傳學標記物提供了新的試驗數據和可靠的研究方法，建立了一種對胎兒進行SNP分型的無創性方法，有望為建立無創性胎兒親子鑑定以及其他產前診斷方法提供有參考價值的線索。