核仁中還包含一種無定型物質，稱核仁基質（nucleolar matrix)，它是一種無定形的蛋白質性液體物質，電子密度低。纖維中心、緻密纖維組分和顆粒組分存在於核仁基質中。核仁基質與核基質溝通，有人認為核仁基質與核基質是同一物質。
將分離純化的Hela細胞核仁經非離子去垢劑、核酸酶、低鹽及高鹽選擇性抽提結合DGD包埋去包埋技術,在電鏡下顯示了HeLa細胞的核仁基質是由直徑5-20nm的纖維及一些顆粒結構構成的精細網路結構.對應於核仁的纖維中心區,抽提後常出現空洞,而與核仁的緻密纖維區與顆粒區對應的區域則充滿緻密的網架結構.BHK-21細胞及小鼠肝細胞的核仁基質與HeLa細胞的核仁基質結構相類似.
