晶體學者的SHELXL軟體指南

晶體學者的SHELXL軟體指南

《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》詳細介紹了晶體結構精修中的常見問題及其處理技巧,採用具體示例的方式加以說明。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》使用晶體學領域內享有盛譽並廣泛使用的精修軟體——SHELXL。對小分子晶體結構精修中的加氫、原子類型指定、無序、贗對稱、孿晶、贗像等方面進行了闡述,討論了小分子晶體結構驗證的必要性和手段,同時對蛋白質等生物大分子的精修和結構驗證也進行了概述。書中每個示例的原始數據和各步精修操作的結果檔案均附於隨書光碟,方便讀者自行練習使用。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》有助於促進對晶體結構精修知識的理解和運用,掌握先進的結構解析工具,提高晶體結構測定的技術水平。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》可以作為具有初步x射線晶體結構測定基礎、能運行相關軟體的入門者的進修教材,也可以作為相關研究人員的參考書。

基本介紹

  • 書名:外文CrystalStructureRefinement:ACrystallographer'sGuidetoSHELXL
  • ISBN:9787040288803
  • 出版社:高等教育出版社
  • 裝幀:平裝
  • 開本:16
  • 平裝:239頁
  • 正文語種:簡體中文
  • 條形碼:9787040288803
  • 商品尺寸:24x17x4.2cm
內容簡介,編輯推薦,作者簡介,目錄,

內容簡介

《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》詳細介紹了晶體結構精修中的常見問題及其處理技巧,採用具體示例的方式加以說明。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》使用晶體學領域內享有盛譽並廣泛使用的精修軟體——SHELXL。對小分子晶體結構精修中的加氫、原子類型指定、無序、贗對稱、孿晶、贗像等方面進行了闡述,討論了小分子晶體結構驗證的必要性和手段,同時對蛋白質等生物大分子的精修和結構驗證也進行了概述。書中每個示例的原始數據和各步精修操作的結果檔案均附於隨書光碟,方便讀者自行練習使用。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》有助於促進對晶體結構精修知識的理解和運用,掌握先進的結構解析工具,提高晶體結構測定的技術水平。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》可以作為具有初步x射線晶體結構測定基礎、能運行相關軟體的入門者的進修教材,也可以作為相關研究人員的參考書。

編輯推薦

《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》編輯推薦:SHELXL是目前國際上使用最廣泛的結構精修程式,不僅功能比較強大,而且使用比較方便。《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南)》既是一本面向晶體學者的SHELXL軟體指南,也是一本教科書。它涵蓋了大量晶體結構精修中可能遇到的難題,一步一步展示晶體結構精修的方方面面,並通過示例檔案和詳細講解說明問題、闡述機理。隨書光碟提供了重現這些精修過程需要的所有檔案,方便讀者自行練習和對照。
對於具有初步×射線晶體結構測定基礎、能運行相關軟體的入門者,《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》是一本非常優秀的教材;即使對於多年從事晶體結構解析的專家,《晶體結構精修:晶體學者的SHELXL軟體指南》也有很好的參考價值。

作者簡介

Peter MuIler,在德國哥廷根大學George Sheldrick教授(SHEL×程式包的作者)課題組獲得了化學與晶體學碩士和博士學位,目前是美國麻省理工學院化學系X射線衍射室主任和首席研究員。長期教授基礎晶體學和高級晶體學(包括理論和實驗)課程。另外,近幾年他還在美國與德國舉辦過多個結構精修講習班。
Regine Herbst-Irmer,著名的孿晶研究專家,1 990年在George SHeldrick教授指導下取得了博士學位。目前她和Sheldrick一起工作於德國哥廷根大學,擔任晶體學高級講師並負責師資培訓事務。
Anthony L.Spek,荷蘭烏得勒支大學教授,畢吉伯生物分子研究中心國家單晶服務設施部主任。多年從事晶體學教學工作,致力於發展晶體學軟體和研究單晶結構自動驗證、孿晶、對稱性缺失和贗對稱等問題,是廣泛用於結構有效性驗證的PLATON軟體的作者。

目錄

1 SHELXL
1.1 SHELX程式包
1.1.1 SHELXTL和其他程式
1.2 SHELXL
1.2.1 程式組成
1.2.2 指令檔案name.ins
1.2.3 衍射數據檔案name.hkl
1.2.4 SHELXL中的數據合併
1.2.5 連通性表
2 晶體結構精修
2.1 最小二乘精修
2.1.1 精修應基於F還是F2——這會成為問題嗎?
2.2 弱數據點和高解析度截斷
2.3 殘差因子
2.4 參數
2.5 約束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置約束
2.5.3 剛性基團約束
2.5.4 浮動原點約束
2.5.5 氫原子
2.5.6 SHELXL中的約束用法
2.6 限制
2.6.1 幾何限制
2.6.2 位移參數的限制
2.6.3 其他限制
2.7 SHELXL中的自由變數
2.8 結果
2.8.1 鍵長和鍵角
2.8.2 扭轉角
2.8.3 共面原子
2.8.4 氫鍵
2.8.5 RTAB指令
2.8.6 MORE指令
2.8.7 cif檔案
2.9 精修問題
3 氫原子
3.1 氫原子的x-H鍵長和UEQ數值
3.2 與不同類型原子成鍵的氫
3.2.1 與碳原子成鍵的氫
3.2.2 與氮或氧成鍵的氫
3.2.3 與金屬成鍵的氫
3.3 在SHELXL中定位氫原子
3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列表
3.3.2 酸性氫原子的準自由精修
3.4 XHELXL中的氫鍵信息
3.5 示例
3.5.1 常規氫原子定位操作:C31H54MoN202
3.5.2 zr基氫化物中的氫原子
3.5.3 酸性氫原子和氫鍵
4 原子類型的指定
4.1 電子皆“藍色
4.2 化學知識
4.3 晶體學知識
4.4 示例
4.4.1 四聯.1 nCl3——N還是O?
4.4.2 鈷基化合物
4.4.3 搞混的中心金屬原子
5 無序
5.1 無序類型
5.1.1 置換無序
5.1.2 位置無序
5.1.3 混亂——一種特殊的無序
5.2 無序的精修
5.2.1 用SHELXL精修無序
5.3 示例
5.3.1 鎵亞胺基矽酸鹽——兩乙基無序
5.3.2 Ti(Ⅲ)基化合物的無序
5.3.3 按占據無序處理的共晶
5.3.4 溶劑分子無序
5.3.5 結構中三種無序共存——環正聚四苯撐
6 贗對稱
6.1 全局贗對稱性
6.2 真正NCS
6.3 示例
6.3.1 Pn還是P21/n
6.3.2 [si(NH2)2cH(siMe3)2]2:Pl,z=12
7 孿晶
7.1 孿晶的定義
7.2 孿晶的分類
7.2.1 缺面孿晶
7.2.2 贗缺面孿晶
7.2.3 交錯缺面孿晶
7.2.4 非缺面孿晶
7.3 孿晶檢驗
7.4 結構解析
7.5 孿晶精修
7.6 絕對結構確定
7.7 孿晶的警示
7.8 示例
7.8.1 缺面孿晶
7.8.2 贗缺面孿晶的一個示例
7.8.3 交錯缺面孿晶的第一個示例
7.8.4 交錯缺面孿晶的第二個示例
7.8.5 非缺面孿晶的第一個示例
7.8.6 非缺面孿晶的第二個示例
7.9 結論
8 贗像
8.1 什麼是贗像?
8.1.1 振動
8.1.2 縮短的三重鍵
8.1.3 氫原子位置
8.1.4 傅立葉截斷誤差
8.2 什麼是非贗像?
8.3 示例
8.3.1 c30H47N9zr5中的傅立葉截斷誤差
9 結構驗證
9.1 驗證
9.2 PLATON有效性測試
9.2.1 對稱缺失
9.2.2 孔隙
9.2.3 位移橢球
9.2.4 鍵長和鍵角
9.2.5 原子類型指定
9.2.6 分子間接觸
9.2.7 氫鍵
9.2.8 連通性
9.2.9 無序
9.2.1 0衍射數據
9.2.1 1精修參數結果
9.3 何時開始驗證?
9.4 結束語
10 蛋白質精修
10.1 原子解析度精修與標準精修的對比
10.11 各向異性位移參數
……
11 蛋白質結構的(交叉)驗證
12 總論
參考文獻
進階讀物
索引
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