明洪武元年(1368年)，朱元璋建立明朝。是年正月，攻克福建。
明朝建官設職辨其品，府官不分府之大小，衙門官員全設，其官皆專職，不以他職帶本銜。
明興化府額設府官4員：
知府1員，總管郡政。凡學校、農桑、戶口、賦役、倉庫、錢糧、獄訟、盜賊，輕重政務，無所不管；凡境內有軍民利病及部屬官員賢否得失無不周知。其官正四品。
同知1員，佐知府理庶務(以清理軍匠為主)，凡本府發行文書同籤押。其官正五品。
通判1員，佐知府理庶務(以管督糧餉為主)，凡本府發行文書同籤押。其官正六品。
推官1員，職掌刑名，凡本府授受一應詞狀必須先送本衙問疑，之後送府圓審發落。凡本府發行文書同籤押。其官正七品。
經歷司司官2員：經歷1員，照過本府出入文書，查舉一應輕重政務，報府堂施行；知事1員，佐經歷以理司事。
照磨所官2員：照磨1員，其職主磨勘按季照刷本府文卷，每日公文出入皆附簿勾銷，分緩急處理，文書中字樣有差錯，允許圈注，不許塗改。檢校1員，佐照磨以磨勘為事。
司獄司司獄1員，掌管本府一應囚犯。
儒學官5員：教授1員，總管學事，尊奉臥碑，提調學校官，教訓生徒務令學習禮、義、廉、恥、孝悌、忠信等事；肄習課業、講論經史、推補官員名缺、主持本府考試。訓導4員，分教四齋生員，教法與教授同。
陰陽學正術1員，領陰陽生推測陰陽，以受民事；掌銅壺刻漏，以定昏曉。
醫學正科1員，領醫生醫治官吏及一應軍民人等疾病。
稅課司大使1員，掌收商稅門攤等項鈔錢。
雜造局官2員：大使1員，掌歲造弓箭緞匹等項。副使1員，佐大使理局務。
僧綱司官2員：都綱1員，統領本府眾僧焚修祝聖。副都綱1員，佐都綱領眾僧。
道紀司官2員：都紀1員，統領本府各道士焚修祝聖。副都紀1員，佐都紀領眾道士。
大有倉官2員：大使1員，收支本倉稅糧。副使1員，佐大使管倉。
平海倉副使1員。
府屬河泊所官1員，掌收辦魚課米。
莆陽馬驛驛丞1員，掌夫役、馬匹供應等事。
明興化府設有六房，各房置典吏、司吏若干人掌管事件：
吏房，設司吏1員、典吏2員，管理本府人事，負責官規官制。戶房分為二科：錢糧科設司吏1員、典吏2員，管理錢、糧、賦稅、倉庫；雜科設司吏1員、典吏2員，管理戶口、田地、農桑。禮房設司吏1員、典吏2員，掌管文童考試、祭祀、學校貢舉、婚姻案件等。刑房設司吏1員、典吏2員，掌管刑事案件。兵房分二科：勘合科設司吏1員、典吏2員，奉兵部勘合清理軍務，編充清退衛軍兵員；雜科設司吏1員、典吏2員，掌管工役、差役等事。工房設司吏1員、典吏2員，掌管織造、碾磨、城建、路、橋、陂、堤勞務等事。
此外，除僧綱、道紀、陰陽、醫學不置吏外，其他衙門皆一官一吏或二吏，凡事官定奪處分，吏掌行文書。
