日本合作金融體系是主要分為兩大體系，即中小企業合作金融體系和農林漁業合作金融體系。日本的中小企業在國民經濟中占有重要地位，對戰後日本經濟的高速發展發揮了重要作用。日本《中小企業法》最初規定，中小企業是指資本在1億日元以下、常用從業人員不超過300人的企業 (後這一標準有所提高)。和大企業相比，中小企業的生產經營條件和信用地位較差，幾乎不能用發行股票和債券的方式在市場上籌措資金，主要是靠從金融機構獲得借款。然而，中小企業的借款金額小，筆數多，金融機構對它們辦理貸款比較費事，而且有較大的風險，因此，一般要收取較高的利息，而企業往往付不起。為了解決這一問題，日本政府在戰後大力發展面向中小企業的金融機構，成立了各種互助合作性質的中小企業金融組織。
目前，作為民間合作性質的中小企業金融機構有：相互銀行、信用金庫、信用協同組合、勞動金庫等。作為政府系統的中小企業金融機構有： 中小企業金融公庫、國民金融公庫、中小企業信用保險公庫等。多年來，中小企業金融機構為支持中小企業的發展提供了大量資金。但最近幾年隨著日本經濟的發展，其他金融機構對中小企業提供的資金不斷增長，而中小企業金融機構所提供的資金有逐漸下降的趨勢。農林漁業部門一般由於擔保能力低，收益能力低，資金需求的期限長，以及季節性較強等特點，很難成為一般金融機構的融資對象。所以農林漁業金融以政府的保護、贊助為背景，本著相互援助的精神，以組合 (合作) 系統金融機構為主體，進一步完善了金融制度。組合系統金融機構分為農業系統、漁業系統和森林系統，每個系統都有三個層次的組織，在最底層的市鎮村，以基層的協同組合為基礎; 在中層的都道府縣分別有各種協同組合聯合會;在最高層有作為中央機構的農林中央金庫。
