微衛星分型

微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重複序列（STR）或簡單重複序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重複序列。

基本介紹

• 中文名：微衛星分型
• 外文名：Microsatellite
• 別稱1：短串聯重複序列
• 別稱2：簡單重複序列
• 服務項目1：SSR引物開發
• 服務項目2：引物篩選

背景介紹

微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重複序列（STR）或簡單重複序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重複序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，並根據片段大小分離等位基因進行分析；擴增後的等位微衛星可以用多種方法檢測，傳統方法採用聚丙烯醯胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。目前，可利用ABI遺傳分析儀對螢光標記的DNA片段進行檢測，結合分子量內標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結果也更加精確。

服務項目

1．SSR引物開發：通過富集微衛星序列，開發出20-30條具有一定重複特徵的微衛星序列，並且對序列進行多態性和特異性驗證。

2．引物篩選：選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然後利用高解析度晶片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息。

3．樣本批量擴增：用帶有螢光標記（FAM/HEX/TMR/ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平台，可以滿足大量樣本擴增需求。

4．測序儀檢測：帶有螢光標記的PCR產物進行稀釋後與分子量內標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，並得到原始數據。

5．原始數據分析：編制panel和bin等檔案，使用正版GeneMapper v4.0軟體分析測序儀得到的fsa檔案，並生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），

6．群體遺傳學分析：利用生物信息學軟體（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數據進行進一步分析，繪製遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態性等。

送樣要求

細胞（≥10^6 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥ 50ng/μl）；引物信息、片段長度範圍、瓊脂糖電泳圖等。

提供結果

引物、微衛星分析的原始數據以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結果等。