巴彥淖爾市防汛辦是巴彥淖爾市防凌防汛指揮部的常設職能機構,準處級建制。設主任一名（副處級）、副主任兩名（正科級）、主任工程師一名（正科級），內設四個科，即：綜合科、工程科、通訊科、情報資料科。現共有職工45名,其中在職職工27名。2004年經上級批准，內部成立了防汛機械化搶險隊，承擔專業防汛搶險工作。
