根據上海市機構編制委員會《關於同意崇明縣政府機構改革方案予以備案的函》（滬編〔2009〕34號）和《崇明縣人民政府機構改革方案》的規定，設立崇明縣農業委員會，為縣政府工作部門。崇明縣農業委員會掛崇明縣林業局牌子。
職責調整,主要職責,內設機構,事業單位,
職責調整
（一）將原配置在崇明縣國有資產監督管理委員會的農村集體資產監督管理、農村土地承包管理、農村集體資產財務管理和農民負擔監督管理等職責劃入崇明縣農業委員會。
（二）將原配置在崇明縣農業委員會的農業統計職責劃入崇明縣統計局。
（三）取消或停止已由市政府公布取消或停止的行政事業性收費項目。
主要職責
（一）貫徹執行黨和國家、本市關於農業、農村集體資產管理、農村經營管理工作的方針、政策和法律、法規、規章；結合本縣實際，編制全縣農業發展中長期規劃和年度計畫，並組織實施。
（二）負責全縣種植業、林業和農村綠化、畜牧業和漁業管理；負責動植物防疫、檢疫工作；會同有關部門實施農產品的流通和加工管理。
（三）組織實施全縣農業科技進步規劃，負責指導、協調、推進農業技術攻關和農業技術推廣工作；負責農業機械安全監理工作；負責農業信息服務工作。
（四）組織指導全縣農業產業化和農業標準化工作；負責農產品的安全衛生與監測，指導全縣有機、綠色和無公害農產品的生產及農產品品牌認證等工作；指導農業新經濟組織的建立和運行；負責農業重點項目的立項申報和實施工作。
（五）組織調查研究，收集和整理本縣農業生產的各項信息，提出農業發展、農業結構調整的意見和建議。
（六）負責本縣農業、林業、畜牧獸醫、漁業等行政執法工作。
（七）負責本縣農村集體資產監督管理工作；負責農村土地承包及流轉管理工作；負責農村集體資產財務管理和農民負擔監督管理；參與農村集體資產流失案件的查處、調處產權糾紛。
（八）負責有關行政複議受理和行政訴訟應訴工作。
內設機構
1、辦公室
主要職能：負責起草、修改機關檔案，收發、傳閱公文、信件督查領導批示要求完成的工作；收集、整理和傳遞各項信息；綜合協調黨政各條線的日常工作；各項會議準備，機關後勤事務工作；購置辦公用具，管理機關財物和車輛；接待和對外聯繫；完成上級部門和領導交辦的其他工作。
2、組織人事科
主要職能：負責貫徹執行上級各項幹部和勞動人事等方面的政策，研究、制訂並起草組織人事工作計畫、總結及有關檔案，督促基層黨組織貫徹執行黨委各項決定；抓好乾部和職工的管理，幹部的考察、調配、選拔、使用和職工的考核、獎懲，黨的基層組織建設，黨員管理和黨員發展，黨員和幹部隊伍的思想建設；查處幹部和黨員的違紀案件；組織、指導基層單位開展創建文明單位的活動。
3、計財科
主要職能：負責農委系統的財務管理、財務監督、會計核算、財會人員的業務培訓；制訂農委系統財務規定；編制和上報財務預算決算及會計報表等有關資料；現金和銀行存款的管理及機關工資津貼的發放、各項經費的結報和劃撥；系統內經濟運行狀況的調查研究和匯總，參與協調農委系統各單位之間財務往來事項。
4、農業科
主要職能：負責全縣常規農業生產，根據農時季節及時制定有關生產措施；編制農業生產指導性意見，並及時抓好落實和信息的反饋；農業生產的調查研究。
5、蔬菜科
主要職能：負責全縣蔬菜生產的規劃和區域化建設，推進蔬菜的發展和蔬菜品種的結構調整；蔬菜建設項目的立項、申報、實施及管理；蔬菜生產的產前、產中服務和蔬菜四新技術的推廣套用；蔬菜示範戶、方、村、鎮的建設和相關業務技術培訓；放心菜工程建設。
6、林業科
主要職能：負責研究制訂本縣林業發展規劃及年度生產及項目計畫；組織開展全縣植樹造林，村鎮綠化和養護管理；組織指導重點生態林工程建設，苗木、經濟林和花卉生產；指導實施林業產業化建設，組織林業資源調查和動態監測；森林防火及林木林地、林權管理及林業分類經營工作；林業統計；承辦林地占用、徵用的行政報批，監督全縣林木憑證採伐與運輸；制訂全縣野生動植物及濕地資源保護、開發利用規劃；本縣野生動植物資源調查、監測、管理及其製品的保護、開發和利用。
7、畜牧科
主要職能：負責全縣畜牧業生產發展規劃的研究、制訂和落實，協調處理縣內畜牧業生產過程中碰到的矛盾和問題；全縣規模副食品基地場的鞏固、穩定和發展工作，制訂和落實相關的政策措施；抓好全縣畜牧業生產情況的調查研究和統計；縣內畜禽污水的治理，並配合縣有關部門做好畜禽場污水治理的日常監管；轄區內飼料、飼料添加劑、獸藥和種畜種禽的執法檢查、發證等監管工作；協助分管領導抓好畜牧系統內單位的經濟建設工作；組織全縣畜牧業生產重點項目的規劃和實施和畜牧業務培訓及畜牧科技推廣。
8、水產科
主要職能：負責貫徹執行國家和市有關漁業方面的方針、政策，研究制訂漁業生產的有關建議和措施意見；制訂全縣漁業發展規劃，研究確定年度生產指導性意見；督促檢查全縣漁業工作計畫的落實和完成情況；漁業重點項目的規劃、可行性報告編制和項目實施的監督檢查及指導；全縣淡水養殖生產的管理和養殖基地建設；培育水產龍頭企業，協調解決產銷矛盾；水產苗種、親本的管理，水產新品種的引進和推廣，保護水產資源；跨地區水產資源優勢的合作開發利用；養殖水域的水質監察和水產品安全衛生檢測；長江、近海捕撈生產管理、漁船管理和捕撈安全生產；漁業資源普查、漁業保險和年報統計等。
9、綜合科
主要職能：負責農委的科技工作，研究制定崇明縣農業科技發展規劃，組織、實施農業科技項目的引進、開發、推廣及農業科技人員、專業農民培訓和科普宣傳；組織編寫和研究、制訂農產品標準化生產方案及操作規範，農業標準化示範基地建設、管理；農業旅遊、農業生態、農產品安全衛生和農業環保工作；農業區劃工作；綠色食品生產的指導、服務和綠色食品品牌、標誌的認證管理；農業信息的收集和信息服務，農委系統信息網的建設和維護。
10、農村集體資產管理科
主要職能：根據本縣實際，全面貫徹執行黨和國家有關農村集體資產管理與經營的一系列方針政策、法律法規，制訂相應的政策規定；指導農村集體資產的經營管理工作，組織實施農村開展清產核資、產權登記工作；負責農村集體資產狀況的統計分析，做好農村集體資產年報統計工作；產權界定糾紛的調解處理，農村集體資產流失案件的查處，監督管理農村集體資產的評估、交易等行為規範性和合法性。做好農村集體資產產權交易變更的備案工作；負責指導撤村、撤隊農村集體資產處置的業務指導及備案工作；做好對農村經營管理站的業務指導工作。
事業單位
1、崇明縣漁政管理檢查站
主要職能：1、監督檢查國家漁業法律、法規、規章的貫徹執行；維護漁業生產秩序，處理漁業生產糾紛，保障漁業生產者的合法權益；負責辦理或代理髮放漁業捕撈許可證，收購及運輸許可證；負責徵收和管理漁業資源增殖保護費；保護和合理利用漁業資源，做好水生野生動物的保護和搶救；保護漁業水域生態環境，調查和處理因環境污染或者環境破壞造成漁業損失的案件，並做好協調賠償工作；做好監督檢查工作，對違反漁業法律、法規、規章的單位組織和個人，實行行政處罰，對觸犯刑法條律的，負責向司法機關提請追究刑事責任；對漁業水域進行人工增殖漁業資源，開展漁政科技活動。
2、崇明縣農業技術推廣中心
主要職責：1、貫徹執行國家在市公告的農業政策、法規，參與制訂全縣農業生產發展和種植業結構調整等計畫；2、在全縣開展農技推廣服務工作，主要負責全縣農作物栽培技術，病蟲草害的防治，土壤肥料技術及農田環境質量監測等農業技術指導工作，推廣新技術、新肥料、新農藥，並且在做好面上服務工作同時，組織農業技術試驗攻關和示範項目；3、開展農業行政執法，維護全縣農資市場，主要承擔基本農田保護、農藥管理、植物檢疫及種子管理等工作，打擊假冒偽劣農資商品，保障農民利益，維護全縣農資市場經濟秩序正常有序健康發展；4、開展農業技術培訓及農技人員的繼續教育培訓，主要負責對鄉鎮村幹部的農業技術的證培訓，崗位培訓及實用農業技術培訓，以及本縣在職農業技術人員的繼續教育工作，提高農業戰線人員的基本素質；5、開展農業信息服務，加強信息流通。廣泛蒐集國內外的農產品市場信息、農業實用技術信息、專業信息、農藥等信息，研究、篩選，利用科技宣傳資料、定期刊物及崇明農業網進行信息傳遞，服務全縣農技人員及農民。
3、崇明縣蔬菜技術推廣站
主要職責：抓好蔬菜科學技術的試驗、示範與推廣，開展蔬菜良種的引進、繁育與推廣，蔬菜“四新”技術研究、示範、推廣，促進科技成果轉化；開展蔬菜病蟲害的預測預報、防治等信息服務、科技指導、科普宣傳等為農服務工作，提高菜農科學種菜水平；加強食用農產品安全衛生監管，確保農產品優質安全；加強優質、特色蔬菜品種開發，打響崇明蔬菜品牌。
4、崇明縣林業站
5、崇明縣動物疫病預防控制中心
主要職能：負責執行中華人民共和國《動物防疫法》、《畜牧法》及《上海市動物防疫條例》等有關法律法規；負責崇明三島範圍內動物防疫管理；負責動物疫情的監測、診療、動物的產地檢疫、屠宰檢疫和防疫物資的儲備、供應工作；負責畜牧獸醫技術的推廣、培訓及崇明三島範圍內地方品種的保育種工作。
6、崇明縣動物衛生監督管理所
主要職能：負責執行中華人民共和國《動物防疫法》、《畜牧法》及《上海市動物防疫條例》等有關法律法規；負責崇明三島範圍內動物養殖、流通、加工領域的動物防疫衛生等許可工作；負責動物防疫、檢疫、獸藥、飼料等行政監督執法工作；負責進出島動物管理工作。
7、崇明縣食用農產品監測中心、崇明縣綠色食品管理中心
主要職責：承擔組織實施農業標準化生產、農產品質量認證服務工作、農產品質量檢測及縣食用農副產品安全監管領導小組辦公室日常事務。
8、崇明縣水產技術推廣站
主要職責：制定我縣水產養殖推廣計畫並組織實施，新品種的引進、馴養、苗種的培育。負責全縣水產品的安全監管及水產健康養殖技術的培訓、推廣。指導鄉鎮水產推廣技術機構、民眾性水產科技組織和漁農民的技術推廣工作。
9、上海市崇明縣農業機械管理站
主要職能：提出全縣農業機械化的發展規劃和年度計畫，並組織實施；提出農業機械化發展的有關政策，承擔全縣農機行業行政管理工作，起草農機化管理的地方法規、規章草案；提出全縣農業機械化發展的重大技術措施建議，引導農業機械化產品結構調整，擬訂農機作業規範和技術標準，組織實施農業機械化新型農機具的引進、消化、吸收、試驗推廣；依照縣府賦予農業機關行使農業機械安全監理職能；組織實施農機具產品質量檢測、檢驗、鑑定、認證工作；組織全縣農業機械操作手的技術培訓及技術等級考核；進行跨地區的經濟互補，組織協調農機跨區作業（跨入、跨出）。
