大連理工大學系統工程研究所成立於1978年，是教育部首批批准的系統工程專門研究機構之一，是一個以系統工程學科為核心的交叉綜合學科群體。經過30多年的發展，已經成為管理科學與工程學科領域的國家重點建設學科之一，也是遼寧省重點建設學科之一。目前擁有1個博士後流動站、1個一級學科博士點、2個碩士點。
系統工程研究所目前擁有一支以中國工程院院士王眾托教授為核心的老中青相結合的研究隊伍，該隊伍具有國家自然科學基金委創新研究群體、教育部創新團隊稱號，研究領域主要包括數據科學與知識管理、電子商務與物流管理、複雜系統、管理科學等：先後承擔並完成了60多項國家自然科學基金項目（其中重點以上項目6項）、7項“863”項目和國家“攻關”項目、14項博土點基金項目和國家教委基金項目、以及數十項省市和大中型企業委託的項目，獲得國家科技進步獎2項、省部級科技進步獎12項。研究成果的套用部門包括國家自然科學基金委員會、遼寧省科技廳、大連市相關政府部門和企事業單位等。
系統工程研究所擁有國家“211工程”重點學科及遼寧省重點學科投資建設的“系統分析與經營管理信息化”實驗室、“群決策與系統集成”實驗室，以及與HP-Compaq公司共同投資1000萬元建立的電子商務實驗室。
