原核生物系統學

《原核生物系統學》是化學工業出版社2007年出版的圖書，作者是陶天申，楊瑞馥，東秀珠。本書的體系獨具特色，結構緊湊，前後連貫，反映了原核生物系統學全貌和發展水平，正文之後的附錄兼有工具書的功能。

基本介紹

• 書名：原核生物系統學
• 作者：陶天申，楊瑞馥，東秀珠
• ISBN：10位[7122004783]13位[9787122004789]
• 定價：￥120.00元
• 出版社：化學工業出版社
• 出版時間：2007-9-1

編輯推薦

經過200餘年的研究和實踐，人類發現並命名了原核生物的許多分類單元，其間又有許多分類單元經過整理、重新劃分、合併和廢棄。截至目前，已經發現的原核生物約有1200個屬，8000餘個種。

原核生物系統學涉及對原核生物的分離、描述、鑑定、分類、命名和菌種的保藏等內容，可以看作現代原核生物分類學，是原核生物學的重要基礎學科。

鑒於現有的原核生物系統學著作篇幅大，且多為英文作品，如 “Bergy's Manual of Systematic Bacteriology” （伯傑氏系統細菌學手冊），筆者在廣泛聽取業內專家意見的基礎上，結合國內的實際需要，邀請國內原核生物各領域科研一線的專家撰寫了這本概括性較強的作品。

作為原核生物學的一本重要的工具書，本書可供微生物學、遺傳學、分子生物學以及其他生命科學領域的師生參考和查閱；也可供從事原核生物研究、教學和產業等人員閱讀參考。

內容提要

本書全面介紹原核生物的系統學，全書共分15章，包括概論、命名法規、生物信息學、菌種保藏和原核生物系統學研究方法等基礎部分。對原核生物的各個類群如古菌、細菌、放線菌等的論述則與《伯傑系統細菌學手冊》英文新版分類大綱相對應。

目錄

第1章原核生物系統學概論

1.1原核生物資源的多樣性及重要性

1.1.1代謝類型的多樣性

1.1.2生境的廣泛性

1.1.3生活方式的多樣性

1.1.4遺傳多樣性

1.2原核生物分類學和系統學的概念以及原核生物種的定義

1.2.1原核牛物分類學和系統學

1.2.2原核生物“種”的概念

1.3原核牛物分類簡史

1.4原核生物系統學研究進展與成就

1.4.1Woese的成就、古菌的發現及其分類學意義

1.4.2“複製基岡樹”和“蛋白質系統學”

1.4.3“基因組系統學”(Phylogenomics)

1.4.4以全基因組為基礎的胺基酸組分矢量法在原核生物系統學中的套用

1.5原核生物系統學與其他學科的關係

1.6《伯傑氏系統細菌學手冊》第2版簡介

參考文獻

第2章細菌命名法規及其在原核生物分類中的套用

2.1國際細菌命名法規

2.1.1俗名和學名

2.1.2早期生物命名簡況

2.1.3命名法規的性質和意義

2.1.4細菌命名法規的緣起

2.1.5國際細菌命名法規的內容簡介

2.1.6名稱的優先權和發表

2.1.7名稱的引用

2.1.8異物同名和同物異名

2.1.9細菌名稱及其有關信息的查詢

2.1.10漢譯細菌名稱

2.1.11公認名稱與非公認名稱的使用

2.2與細菌分類和命名有關的悶際學術機構及其相關刊物

2.3《細菌名稱的確認名錄》

2.4細菌名稱的合格化及其於續

2.4.1新名稱和(或)新組合被國際學術界所承認的一般要求

2.4.2有效發表的合格化

2.5細菌名稱的套用

2.6對不合法規的細菌命名的更名

2.6.1細菌命名的原則

2.6.2對細菌命名違規的處理示例

2.7原核生物分類中暫定名稱的分類地位

2.7.1原核生物暫定名稱的概念

2.7.2確立暫定名稱的原核生物應注意的要點

2.7.3暫定名稱原核生物系統學示例

2.8國際生物命名法規的協調與統一

2.8.1生物命名法規協調與統一的背景

2.8.2生物命名統一法規(BioCode)的構想和活動

2.8.3生物命名法規統一對細菌命名的影響

參考文獻

第3章生物信息學在原核生物分類中的作用47

31生物信息學簡介47

32生物信息學在原核生物系統學中的作用47

33原核生物信息學網站介紹49

331中國微生物信息網路49

332WDCM50

333NCBI52

334LPSN59

34數據遠程通信和菌種分類地位的初步判斷62

341細菌總DNA的提取63

34216S rDNA的PCR63

34316S rDNA序列測定64

344與GenBank中的已知序列進行BLAST分析64

345找出相似性最高的序列64

346將所得序列排序、比對65

347用建樹軟體構建樹狀圖65

348判定目的細菌的分類地位或系統發育地位65

參考文獻66

第4章菌種保藏在原核生物分類學研究中的作用68

41菌種保藏概述68

411菌種保藏的類型68

412菌種保藏的基本要求69

413菌種保藏的原理70

414菌種保藏的方法71

415 影響菌種長期保藏的主要因素74

42原核生物新分類單元的菌種保藏76

43菌種保藏機構的作用76

431早期菌種保藏室的創建76

432菌種保藏機構的建立與國際化78

44專利菌種保藏與分類81

441專利菌種的概念及其作用81

442《布達佩斯條約》82

443我國對專利菌種保藏的要求83

444專利微生物分類84

參考文獻85

第5章原核生物多相分類技術與套用86

51多相分類理論的提出及其套用86

511細菌多相分類學的不同信息86

512分類學技術的套用範圍87

513各種分類信息的意義及評述87

514多相分類學技術的套用與多相鑑定88

515群體遺傳學在分類學中的作用88

52表型分類技術與意義89

521原核生物的形態學特徵與原核生物分類90

522生理和生化方法與原核生物分類90

53蛋白質分析在原核生物分類中的套用97

531蛋白質胺基酸測序97

532蛋白質電泳圖譜分析技術97

54分子生物學分類技術與意義99

54116S rRNA序列分析的基本原理100

54216S rRNA序列分析的技術步驟101

54316S rRNA序列分析技術在微生物分類鑑定中的套用102

544採用16S rRNA法進行醫學微生物分離鑑定應注意的問題107

55DNA鹼基組成(GC含量)測定108

551GC含量測定方法108

552DNA GC含量測定法在細菌分類鑑定中的意義110

553細菌DNA GC含量測定方法的前景展望110

56DNA同源性分析111

561復性和雜交的動力學111

562復性速率法112

563S1核酸酶分析法和羥基磷灰石法113

564固相雜交法113

565DNA同源性測定在細菌分類鑑定中的意義114

57非可培養細菌114

571環境中“活的非可培養”細菌的誘導因素115

572“活的非可培養” 細菌的生物學特性115

573“活的非可培養”細菌的復甦115

574“活的非可培養”病原菌的致病性116

575細菌進入“活的非可培養”狀態的內在機制116

576“活的非可培養”細菌的檢測116

577對細菌“活的非可培養” 狀態概念的爭議118

578細菌“活的非可培養”狀態的理論及實際意義118

58化學分類技術與意義119

581氣相色譜技術120

582細菌的液相色譜分析125

583質譜分析技術128

59數值分類與套用134

591數值分類的定義、概況和特點134

592數值分類的步驟135

593性狀的測定及數據收集136

594數值分類的局限性142

參考文獻142

第6章原核生物的分子生態學研究144

61分子探針的套用144

611FISH 技術簡介145

612原核生物核糖體RNA基因的特點146

613螢光原位雜交技術的局限性146

614FISH的套用147

615技術展望147

62核酸指紋圖分析技術與意義148

621遺傳多態性分析技術148

622質粒指紋圖分析技術148

623染色體DNA指紋圖分析技術149

63生物晶片和快速鑑定157

631DNA晶片157

632蛋白質晶片159

64細菌自動化鑑定儀器的套用164

641基於生化反應的微量多項試驗鑑定系統164

642基於微生物特徵“指紋圖”的自動化檢測儀器165

643基於免疫反應的細菌自動化鑑定系統166

644基於分子生物學的細菌自動化鑑定系統167

645細菌自動化鑑定儀器在原核生物分子生態學方面的套用168

參考文獻168第7章古菌域170

71古菌的定義170

72古菌的發現和研究現狀170

73研究古菌的意義172

731探索生命適應環境的極限172

732探索生命的起源和早期演化過程172

733認識生命的多樣性172

734研究真核生物遺傳信息傳遞過程的模式和真核生物起源的途徑173

74泉古菌界173

741熱變型菌目174

742硫還原球菌目174

743硫化葉菌目175

75廣古菌界176

751產甲烷古菌176

752極端嗜鹽古菌181

753熱原體古菌185

參考文獻186

第8章細菌域第Ⅰ至第Ⅸ門188

81產液菌門，棲熱袍菌門，熱脫硫桿菌門和異常球菌——棲熱菌門188

811BⅠ——產液菌門188

812BⅡ——棲熱袍菌門191

813BⅢ——熱脫硫桿菌門195

814BⅣ——異常球菌——棲熱菌門197

82金礦菌門、綠屈撓菌門和熱微菌門201

821金礦菌門201

822第Ⅳ門——綠屈撓菌門202

823第Ⅶ門——熱微菌門205

83硝化螺菌門和鐵還原桿菌門207

831第 BⅧ門——硝化螺菌門207

832BⅨ門——鐵還原桿菌門210

參考文獻213

第9章細菌域 第Ⅹ門——藍細菌門216

91藍細菌門（Cyanobacteria）概述216

911藍細菌形態特徵與細胞結構216

912運動方式216

913繁殖方式216

914營養與代謝特徵217

915生態分布217

916常用的藍細菌培養基217

917藍細菌的初步鑑別217

92藍細菌的分類220

921藍細菌的分類系統220

922色球藍細菌目(第Ⅰ亞組)221

923寬球藍細菌目（第Ⅱ亞組）226

924顫藍細菌目(第Ⅲ亞組)228

925念珠藍細菌目（第Ⅳ亞組）232

926真枝藍細菌目（第Ⅴ亞組）238

參考文獻240

第10章細菌域 第Ⅺ門242

101綠細菌科概述242

1011綠細菌科的生物學特性242

1012綠細菌科的生理學特性242

1013綠細菌科的生態學特性244

102綠細菌科的分類現狀244

1021綠細菌科的分群244

1022綠細菌科的分屬245

103綠細菌科的系統發育特徵245

104綠細菌科各屬特徵描述247

1041綠細菌屬248

1042突柄菌屬248

1043暗網菌屬249

1044綠臂菌屬249

1045綠滑菌屬250

105綠硫細菌的分離、富集與保藏250

1051綠硫細菌分離培養的常用培養基250

1052綠硫細菌分離培養的常用方法251

1053綠硫細菌菌種的保藏251

106綠硫細菌與其他微生物的共生及套用252

1061綠硫細菌的共生特性252

1062綠硫細菌的套用253

參考文獻253

第11章細菌域變形桿菌門256

111變形桿菌門分類的複雜性256

112α變形桿菌綱259

1121醋酸細菌260

1122根瘤菌目261

1123微寶盒科271

1124柄桿菌科272

1125鞘氨醇單胞菌科272

1126紅桿菌科274

1127紅螺菌科275

113β變形桿菌綱277

1131伯克霍爾德菌屬278

1132草酸桿菌科 279

1133叢毛單胞菌科279

1134產鹼菌屬和無色桿菌屬280

1135嗜氫菌屬281

1136硫桿菌屬282

1137奈瑟菌科282

1138自養氨氧化細菌289

1139螺菌屬290

11310固氮弧菌屬291

114γ變形桿菌綱293

1141著色菌科與外硫紅螺菌科294

1142酸硫菌屬和熱硫桿菌屬295

1143黃單胞菌屬295

1144心桿菌屬296

1145硫發菌目296

1146軍團菌屬296

1147甲基球菌目301

1148海洋螺菌屬302

1149鹽單胞菌屬303

11410假單胞菌科303

11411弧菌科306

11412腸桿菌科313

11413巴斯德菌科(Pasteurellaceae Pohl,1981)348

115δ變形桿菌綱351

1151中溫硫酸鹽還原細菌353

1152蛭弧菌屬355

1153黏細菌356

116ε變形桿菌綱366

1161彎曲桿菌屬的特徵366

1162螺桿菌屬的特徵367

參考文獻367

第12章低GC含量革蘭陽性細菌373

121好氧的產芽孢細菌373

1211生物學特性373

1212芽孢桿菌屬373

1213生活周期374

1214芽孢桿菌的遺傳學研究377

1215生物合成和分解代謝途徑中的轉錄調節379

1216昆蟲病原芽孢桿菌380

1217人的病原芽孢桿菌381

122厭氧產芽孢細菌——梭菌屬及有關細菌383

1221梭菌的生境383

1222分類和系統發育學384

1223梭菌的遺傳學386

1224臨床上重要的梭菌386

1225其他的厭氧產芽孢細菌387

123乳桿菌屬和肉桿菌屬388

1231乳桿菌屬389

1232肉桿菌屬391

124鏈球菌屬及有關菌屬391

1241鏈球菌屬391

1242腸球菌屬393

1243乳球菌屬394

1244明串珠菌屬396

1245李斯特菌屬398

1246葡萄球菌屬399

125厭氧的革蘭陽性球菌401

1251糞球菌屬401

1252消化球菌屬402

1253消化鏈球菌屬402

1254瘤胃球菌屬402

1255八疊球菌屬402

126嗜鹽厭氧菌目403

127同型產乙酸細菌403

128熱厭氧桿菌屬、熱厭氧菌屬及其他分類位置未定的分解糖的嗜熱厭氧細菌406

129支原體408

1210細胞壁不典型的革蘭陽性細菌411

12101陽光桿菌科411

12102梳狀菌屬和巨胞菌屬412

12103月單胞菌屬412

12104丁酸弧菌、毛螺菌屬和羅斯菌屬413

12105韋榮菌413

12106互營單胞菌及其他互營細菌415

參考文獻415

第13章放線菌416

131分子系統學416

1311放線菌亞目416

1312微球菌亞目417

1313棒狀桿菌亞目419

1314小單孢菌亞目419

1315丙酸桿菌亞目420

1316鏈黴菌亞目421

1317鏈孢囊菌亞目422

1318弗蘭克菌亞目424

1319假諾卡菌亞目425

13110糖黴菌亞目425

132分子生態學426

1321放線菌生態學427

1322放線菌分子生態學的發展簡史427

1323放線菌分子生態學研究進展429

133放線菌遺傳學434

1331鏈黴菌生活史的發現435

1332放線菌基因連鎖圖的建立437

1333鏈黴菌遺傳學發展的三個階段437

1334放線菌基因重組的發現439

1335放線菌的性別和致育因子439

1336放線菌的接合439

1337放線菌接合的機制440

1338鏈黴菌的基因組441

1339轉座因子442

13310質粒443

13311鏈黴菌DNA的限制性和修飾443

13312鏈黴菌噬菌體遺傳學444

134放線菌次生代謝分子調控445

參考文獻448

第14章細菌域第ⅩⅤ至ⅩⅤⅡ門452

141浮霉狀菌門453

1411浮霉狀菌分類地位的演變453

1412浮霉狀菌門453

142衣原體門458

1421衣原體綱458

1422衣原體科462

1423副衣原體科464

1424西門坎菌科464

1425石德菌科465

143“螺旋體綱”465

1431螺旋體科466

1432小蛇形菌科474

1433鉤端螺旋體科475

參考文獻480

第15章細菌域第ⅩⅧ門至ⅩⅩⅢ門482

151絲狀桿菌綱 482

152酸桿菌綱483

1521酸桿菌屬483

1522地絲菌屬483

1523全噬菌屬484

153擬桿菌綱484

1531擬桿菌科484

1532理研菌科491

1533卟啉單胞菌科493

1534普雷沃菌科498

154梭桿菌綱499

1541梭桿菌科499

1542待定位科（Family:Incertae sesdis）504

155疣微菌綱505

1551疣微菌科505

1552奧派斯菌科506

1553長線桿菌科506

156網球菌綱507

1561網球菌科507

1562“食谷菌科”（“Victivallaceae”）508

參考文獻508

附錄510

附錄1世界各地菌種保藏機構名錄及其地址510

附錄2原核生物屬以上的名稱名錄536

附錄3原核生物的分類大綱及其中譯名548