南山玉佛殿整體為一座金胎合曼的藥師壇城。藥師如來是佛教中消災、延壽、增福、生財，既能滿足人們物質需求身體康寧，又能滿足人們精神需求的東方佛國之主。
南山玉佛殿由玉佛大殿、藥師壇城、舍利殿組成，玉佛殿內供奉的緬甸玉藥師如來，像高13.66米，重達660餘噸。為目前國內最大、最高的玉佛造像，藥師玉佛周圍供奉不同顏色的藥師六如來像，與玉佛共同構成藥師經法上稱的藥師七佛。藥師壇城由金剛成身會大曼荼羅和胎藏界大曼荼羅兩座立體壇城組成。舍利殿內殿示了中國佛教三大語系的佛教文物千餘件，其中最為珍貴的是供奉在金舍利塔內的佛牙舍利和供奉在玉舍利塔內的高僧舍利，被佛教界視為稀世珍寶而虔誠供奉。
來為主尊而建的金胎合曼藥師壇城是人們修證藥師懺法，求長壽，求富貴、求安康的理想之所，佛偈有云：
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫。
無邊行願利有情，名遂所求皆如意。
如能以虔誠之心，崇敬供養禮拜藥師玉佛及藥師壇城。定能增福添壽、合家平安。
藥師玉佛開光後迎來了無數中外遊客，所到之人無不為其大、肅穆而震撼。
