北京市國民體質監測工作自2000年開始運行，於2001年1月17日在北京市體育科學研究所正式掛牌，"北京市國民體質監測中心"並建立了一級國民體質監測站，這是體育戰線為黨的中心任務服務的重要體現，它標誌著我市國民體質監測系統的正式啟動，人群體質監測工作建設進入了新的發展時期。
2008年5月根據市委市政府 "奧運倒排期摺子工程" 的計畫，在我市各區縣分別建立了二級國民體質監測站。北京市國民體質監測中心作為國家國民體質監測網路的一員，承擔著向國家國民體質監測中心輸送北京市國民體質監測數據的任務，同時承擔著建立北京市國民體質監測系統和資料庫，以掌握我市國民體質狀況和發展趨勢，長期動態觀察我市國民體質狀況，進而不斷為改善和提高我市國民體質和健康水平，為推動全民健身計畫的實施提供科學數據，為首都經濟建設和社會發展服務。
