北京大學軟體學院成立於2002年3月，隸屬於北京大學。為適應我國經濟結構戰略性調整的要求和軟體產業發展對人才的迫切需要，實現我國軟體人才培養的跨越式發展，教育部和國家發展計畫委員會以教高[2001]6號文正式批准北京大學等35所高等學校試辦示範性軟體學院，根據檔案精神，北京大學經2002年3月15日第451次校長辦公會研究，決定成立“北京大學軟體學院”。
2006年2月21日，教育部高等教育司以教高司函[2006]29號批覆成立北京大學無錫產學研合作教育基地，根據無錫市和長江三角洲地區產業發展的需要和對IT人才的需求，依託北京大學的綜合學科優勢和信息學科優勢、無錫市和長江三角洲的區域產業優勢，無錫產學研合作教育基地將其建設目標和主要任務定為四個層面：培養實用型、複合交叉型高端人才；深入開展繼續教育項目；面向企業發展需求，深入開展套用研究；根據地方產業發展規劃，促進高新技術企業的孵化。
2003年12月，在教育部組織的對全國35所示範性軟體學院中期評估中，北京大學軟體學院綜合評比排名第一，被譽為“示範中的示範”；2004年11月9日，學院榮獲“北京大學教學成果一等獎”；2004年12月9日，榮獲“北京市高等教育教學成果一等獎”；2005年9月,榮獲高等教育“國家級教學成果一等獎”；2006年，北京大學軟體學院順利通過了教育部組織的示範性軟體學院的驗收評估，評估結果為“綜合排名第一”。
