公司合併法定程式指在公司合併過程中，依照法律規定合併者所必須遵循的先後程式。
由於合併不僅會對公司的股東、債權人產生重要影響，也會對公司經營管理人及從業人員產生重要影響，所以各合併公司代表人在開始法定程式以前，一般都要反覆協商，取得一致意見，並將其意見用協定書的形式記載下來，法定合併程式大致如下：（1）董事會作成合併契約。參與合併的各公司的董事會作成合併契約，合併契約必須採取書面形式，記載法定事項。主要事項有：擬合併的方式、合併的條件、合併後存續公司或新設公司的名稱、新公司的章程、把每個公司股份轉換為存續公司或任何其他公司的股份、債務或其他證券，或者全部地或者部分地轉換為現款或其他財產的方式和基礎；有關合併所需的其他條款等。（2）股東會作出合併的決議。合併公司代表人將合併契約提交股東會討論。在人合公司，批准該契約應經全體股東同意；在資合公司，則應由股東會就批准契約事形成特別決議。股東不同意合併，在股東會開會前或開會中，以書面形代表示異議或以口頭形代表示異議並經記錄者，可以放棄表決權，而請求公司收買其持有股份。公司則按當時的公平價格收買這些股份。（3）結算資產負債。公司決議合併時，應結算資產負債，編制負債表及財產目錄以便查閱。（4）通告債權人。合併經公司的股東或股東會批准後，各公司代表人應於一定時期內（如自批准日起二周內）實行保護債權人的程式，即董事會催告已知債權人及公告其他債權人，聲明債權人若對合併有異議，應在一定期限內提出，逾期不提異議者視為承認合併。債權人若提出了異議，公司應清償已到履行期的債權，或對未到履行期的債權提供擔保。（5）公司合併股份、移交財產。在此基礎上，合併後的存續公司召開股東會，公司代表人報告合併經過。合併後的新設公司應召集創立會，由各公司推舉的設立委員報告合併經過並完成設立行為。（6）申請登記。合併公司完成上述程式後，應在一定期限內（一般為15天或兩個星期）到登記機關申請合併登記。日本商法規定在登記前還要向公證交易委員會申報，以防止合併壟斷。登記分為三種形式，存續公司應進行變更登記；新設公司應進行設立註冊登記；被解散公司應進行解教登記。各種不同類型的公司進行合併登記時，其申請的代表人不同。無限公司由全體股東申請；有限公司由全體董事申請；股份有限公司由半數以上的董事申請；兩合公司由全體無限責任股東申請。公司合併因登記而發生效力。
