克隆清除是指T細胞克隆的TCR對組織特異自身抗原有高親和力，且濃度高時，經APC提呈，可致此類T細胞克隆清除（deletion)。
補充簡介,特點,
補充簡介
若T細胞克隆的TCR對組織特異自身抗原的親和力低，且濃度很低時，經APC提呈，不足以活化相應的T細胞，這種自身應答T細胞克隆與相應組織抗原並存，在正常情況下，不引起自身免疫病的發生，稱為免疫忽視（immunological ignorance)。
特點
克隆清除是淋巴細胞在骨髓（B細胞）或胸腺（T細胞）發育時通過陰性選擇而清除掉的針對自身抗原的有害克隆，該克隆凋亡了。而後者的克隆依然存在，失活是因為沒有接受到共刺激分子的信號，因而沒有反應性，也不能增殖；當抗原提呈細胞的MHC-II分子為空負載時與T細胞作用，T細胞也將無法增殖，從而產生克隆忽略
