中國中醫研究院是目前我國規模最大、學科齊全、設備先進、科研力量雄厚的中醫藥研究機構，下設13個研究所、6所醫院及研究生院、中醫古籍出版社、中醫雜誌社等學術單位；有職工4000餘人，各類專業技術人員3200多人，其中高級職稱者800多人；與世界衛生組織（WHO）共同建立了臨床與信息、針灸、中藥三個傳統醫學合作中心；世界針灸學會聯合會、中國中西醫結合學會、中國針灸學會均設在中國中醫研究院。
中醫藥科學研究是中國中醫研究院的中心任務，50年來，中國中醫研究院在中醫藥基礎理論研究和重大疾病防治及中藥新藥開發研究等方面均取得了顯著成就。截止2004年底，全院共獲得科研成果近900項，其中獲國家級、部局級獎近300項；現有院級以上在研課題482項，其中國家級課題200項、部局級課題258項；擁有國家新藥（中藥）臨床試驗研究中心（GCP）、國家規範化中藥藥理實驗室、中國中醫藥文獻檢索中心和BSL－3實驗室， 是國家中藥安全性評價中心（GLP）與中藥複方藥物開發國家工程研究中心建設單位。
中國中醫研究院充分發揮中醫醫療的優勢和特色，為廣大患者提供良好的服務，現有病床1500多張。附屬西苑醫院、廣安門醫院是全國三級甲等中醫醫院和全國示範中醫醫院。望京醫院是以骨傷科為主的綜合性三級甲等中醫醫院，眼科醫院是以中醫眼科為特色的專科醫院。各附屬醫院在腫瘤、心腦血管病、老年病、糖尿病以及肛腸、皮膚、泌尿等各科疾病及多種常見病、多發病和疑難重症的治療方面，具有豐富的經驗和獨特的療效，在國內外有較高的聲譽。
中國中醫研究院是培養高層次中醫藥人才的重要基地，現有中醫學、中藥學、中西醫結合三個一級學科所涵蓋的所有學科專業的博士、碩士授予權，具有臨床醫學專業學位授予和在職人員申請學位的資質；設有中西醫結合、中醫學、中藥學三個一級學科的博士後工作站。 中國中醫研究院圖書館是全國藏書最多的中醫藥專業圖書館，其中珍本、善本、孤本書籍2萬餘冊。中國醫史博物館是我國收藏文物最多的中醫專業博物館，收藏文物3000餘件。
中國中醫研究院主辦多種全國性的中醫藥專業期刊，其中在國內外影響較大的有《中醫雜誌》、《中國中西醫結合雜誌》、《中國中藥雜誌》、《中國針灸》、《針刺研究》、《中國骨傷》、《中華醫史雜誌》、《中國中醫藥信息雜誌》、《中國中醫基礎醫學雜誌》等。
作為我國傳統醫藥對外合作與交流的重要視窗，中國中醫研究院與世界上100多個國家和地區的醫藥界、科研院所、高等院校、企業及民間團體有廣泛友好的聯繫與交流，在國際傳統醫學界有較大的影響。
