上海市長江口中華鱘自然保護區管理處是上海市農業委員會直屬單位。
1．貫徹執行國家及上海市有關自然保護的法律、法規、規章和方針、政策。
2．制定自然保護區的各項管理制度，統一負責自然保護區日常管理。
3．依法開展行政審批和執法，對進入自然保護區的科學研究活動進行審批，依法查處自然保護區內及與其相關的違法行為，並做好相應的行政救濟工作。
4．保護自然保護區的自然資源和生態環境，組織生態環境監測，調查與自然保護區相關的自然資源並建立檔案，對自然保護區內已經受到破壞的自然環境做好修復工作。
5．組織和協調長江口以中華鱘為代表的珍稀瀕危水生野生動植物的保護、增殖放流、搶救救護及人工繁殖等工作。
6．組織或協助開展以中華鱘及其他珍稀瀕危水生野生動植物及其棲息地為主要研究對象的科學研究工作。
7．開展保護長江口中華鱘及其他珍稀瀕危水生野生動植物及其棲息地的宣傳教育工作。
