一級免疫器官是免疫細胞發生、發育、分化與成熟的場所;同時對外周免疫器官的發育亦起主導作用。包括骨髓、胸腺;(1)骨髓:重要的造血及免疫器官。血液的所有細胞成分都來源於造血幹細胞，其中髓系細胞(紅細胞系、粒細胞系、單核細胞系與巨核細胞-血小板系)是完全在骨髓內分化生成的。
胸腺對機體免疫功能的建立，以及喪失免疫功能的重建均具有很重要作用，也是T淋巴細胞分化成熟的場所。骨髓產生的部分淋巴細胞在胸腺中繼續發育成熟為T細胞，能分泌胸腺素，在促進T細胞分化和成熟過程中，選擇性發揮免疫調節作用。T輔助細胞(TH)和T抑制細胞(TS)均在胸腺中形成。胸腺也是機體維持免疫自穩的器官。
