一個質子化了的胞嘧啶鹼基能和G-C鹼基對中的鳥嘌呤鹼基配對建立氫鍵，胸腺嘧啶能和A-T對的腺嘌呤鹼基配對。嘌呤鹼基中的N-7，O6和N6，這些參與在三鏈DNA中形成氫鍵的位點，被稱為Hoogsteen位置，且這種非Watson-Crick配對被稱為Hoogsteen配對。
在形成三螺旋和四螺旋DNA結構時，嘌呤A或者G第6，7位與嘧啶3，4位形成的H鍵連線。
一個質子化了的胞嘧啶鹼基能和G-C鹼基對中的鳥嘌呤鹼基配對建立氫鍵，胸腺嘧啶能和A-T對的腺嘌呤鹼基配對。嘌呤鹼基中的N-7，O6和N6，這些參與在三鏈DNA中形成氫鍵的位點，被稱為Hoogsteen位置，且這種非Watson-Crick配對被稱為Hoogsteen配對。