TD-PCR

TD-PCR,即touchdown PCR,降落PCR。指每一個(或n個)循環降低1℃(或n℃)退火溫度,直至達到一個較低的退火溫度(touchdown退火溫度)。然後以此溫度進行10個循環。正確和非正確退火溫度1℃差異將造成PCR產物量4倍的差異,如果相差5℃,就會產生4的五次方(1024)倍的優勢,因此,相對於非正確產物,正確產物可以得到富集。

即touchdown PCR,降落PCR。指每一個(或n個)循環降低1℃(或n℃)退火溫度,直至達到一個較低的退火溫度(touchdown退火溫度)。然後以此溫度進行10個循環。正確和非正確退火溫度1℃差異將造成PCR產物量4倍的差異,如果相差5℃,就會產生4的五次方(1024)倍的優勢,因此,相對於非正確產物,正確產物可以得到富集。退火溫度起始在高於計算的Tm值15℃左右,再接下來的循環中,退火溫度以每次1-2℃逐漸降低,直到Tm值以下5℃,當達到特異的引物-模板結合的Tm值時,擴增就會開始。當退火溫度降到非特異擴增發生的水平時,特異產物會在與非特異擴增的競爭中勝出,成為主導的擴增產物避免非特異擴增產物的出現。此法擴增可利於PCR產物純化。
平時我們先用高溫擴5~10個循環,再用低溫擴增 15~25個循環,這樣也是廣義上的touchdown。原理就在於,溫度的升高提高了PCR擴增的特異性,但也提高了引物結合的難度,降低了擴增的效率,因此一開始先用高溫擴增,保證擴增的嚴謹性,待目的基因的豐度上升後,降低擴增的溫度,提高擴增的效率(此時非特異的位點由於豐度低,無法和特異位點競爭)

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