基於種內多態和種間分歧度的檢測是否符合中性進化模型的方法
MK檢驗的原理是：在無選擇作用的中性條件下，所研究基因的種內的同義、
非同義突變應與種間同義、非同義突變成正比。反之，則推翻零假設，即基因在
不同物種中受到了選擇的作用。MK檢驗思路簡潔，計算簡單，但在檢驗中性假說
方面卻很有說服力。而且該檢驗與以上提到的檢驗相比，不需要很多假設限制，
重組和種群大小的動態對檢驗結果沒有影響。McDonald和Kreitman(1991)對所研究
的DNA序列的位點首先進行分類，以區分種內差異和種間差異。將種內個體間無
鹼基差異而種間有明顯鹼基差異的位點，定義為固定位點(fixed site)，作為種間差
異的標誌。將種內個體間有鹼基差異的位點，定義為多態性位點(polymorphic site)，
作為種內多態性的標誌。分辨出樣本的多態位點和固定位點之後，將各位點上的
突變再按同義突變位點和錯義突變位點加以區分。按照MK檢驗的原理，在中性條
件下：
Pn/Ps=Dn/Ds,
式中Dn代表既是非同義突變位點又是固定位點的位點數，Ds代表既是同義突變位點
又是固定位點的位點數，Pn代表既是非同義突變位點又是多態位點的位點數，Ps代
表既是同義突變位點又是多態位點的位點數。
當選擇作用存在於不同物種中時，上式兩邊會不相等。此時，可用統計學的
G-test檢驗等式兩邊比例差異的顯著性。若顯著，也就是說物種間的錯義突變數目
大於基於種內多態性估計得到的期望值，說明基因在物種間受到了選擇作用（周
琦等，2004）。根據MK檢驗的原理可以看出，其套用的範圍有限制，即只能對蛋
白質編碼區進行檢測，而且只能利用DNA序列的數據。MK檢驗可以利用DnaSP軟
件計算。
