基本介紹
- 中文名：AMBER力場
- 定義：生物大分子的模擬計算
- 目的：計算蛋白質和核酸體系
- 隸屬：Kollman課題
AMBER力場是在生物大分子的模擬計算領域有著廣泛套用的一個分子力場。開發這個力場的是Kollman課題組，最初AMBER力場是專門為了計算蛋白質和核酸體系而開發的，計算其力場參數的數據均來自實驗值，後來隨著AMBER力場的廣泛套用，包括Kollman在內的很多課題組對AMBER力場的內容不斷進行豐富，逐漸開發出了一個可以用於生物大分子、有機小分子和高分子模擬計算的力場體系。但是總體來講，AMBER力場的優勢在於對生物大分子的計算，其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意。
AMBER力場的勢能函式形勢較為簡單，所需參數不多，計算量也比較小，這是這個力場的一大特色，但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性。本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能，用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能，選用Lennard-Jones勢來模擬范德華力；用庫侖公式來描述靜電相互作用。
很多主流計算軟體包套用了AMBER力場，其中除了Kollman課題組開發的AMBER軟體之外，還有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
Leap:用於準備分子系坐標和參數檔案，有兩個應用程式：
xleap:X-windows版本的leap，帶GUI圖形界面。
tleap:文本界面的Leap
Antechamber:用於生成少見小分子力學參數檔案。
Sander:MD數據產生程式，即MD模擬程式，被稱為AMBER的大腦程式。
Ptraj:MD模擬軌跡分析程式。
