AFSM(Amplified-fragment single nucleotide polymorphism and methylation)

AFSM(Amplified-fragment single nucleotide polymorphism and methylation)

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AFSM是我國科研人員(熱帶生物技術研究所 夏志強等)2014年開發的國際領先的重測序專利,AFSM方法是目前為止全世界可以在全基因組高通量檢測SNPsindels的同時檢測甲基化位點的唯一的方法。

AFSM是我國科研人員(熱帶生物技術研究所 夏志強等)2014年開發的國際領先的重測序專利,AFSM方法是目前為止全世界可以在全基因組高通量檢測SNPsindels的同時檢測甲基化位點的唯一的方法。樣品處理和數據分析步驟更簡便經濟。利用該方法可同時檢測96個木薯樣品的SNPs, indels和甲基化位點,還特別適用於高通量全甲基化和半甲基化檢測。
前期開發的AFSM技術已成功用於對木薯非近交親本雜交F1群體(KU50×SC124)85個株系群體的基因型分析,採用HighSeq2500測序一個lane,獲得278,737 個SNPs, 23,941 個indels 和13,598 甲基化位點標記,並將3,032 個AFSM標記(包括2,331 個SNPs, 537 個indels和164 個甲基化標記)定位到遺傳圖譜上。 其基因型分析成本遠低於目前同類技術的成本,證明該方法的高效與實用性。
方法已發表於Nature旗下雜誌Scientific Reports(Xia et al., 2015; IF: 5.078),並申請了國家發明專利一項。
Xia Z, Zou M, Zhang S, Feng B, Wang W. AFSM sequencing approach: a simple and rapid method for genome-wide SNP and methylation site discovery and genetic mapping,Scientific Reports,2014,4:7300,DOI:10.1038/srep07300

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