根據《中共阿拉善盟委員會辦公廳、阿拉善盟行政公署辦公廳關於印發<額濟納旗人民政府職能轉變和機構改革方案>的通知》（廳發〔2014〕49號）精神，設立額濟納旗審計局，為旗政府工作部門。
主要職責,內設機構,
主要職責
（一）負責對全旗財政收支和法律法規規定屬於審計監督範圍財務收支的真實、合法和效益進行審計監督；對審計、專項審計調查和核查社會審計機構相關審計報告結果承擔責任，並負有督促被審計單位整改的責任。
（二）制定並組織實施全旗審計工作發展規劃、計畫和專業領域審計工作規劃；對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，做出審計決定或提出審計建議。
（三）向旗長提交全旗年度預算執行和其他財政收支情況審計結果報告；受旗政府委託向旗人大常委會提交全旗預算執行和其他財政收支情況審計工作報告、審計發現問題整改報告；向旗政府報告對其他事項審計和專項審計調查情況及結果；依法向社會公布審計結果，向旗政府有關部門通報審計情況和審計結果。
（四）直接審計下列事項，出具審計報告，在法定職權範圍內做出審計決定或向有關部門提出處理處罰建議，並承擔相應責任：
1、全旗預算執行情況和其他財政收支，各部門（含所屬單位）預算執行情況、決算和其他財政收支。
2、蘇木鎮預算執行情況、決算和其他財政收支，中央、自治區、盟財政轉移支付資金。
3、使用旗本級財政資金事業單位和社團的財政財務收支。
4、以政府投資為主的建設項目結算和決算。
5、國有企業和金融機構的資產、負債和損益。
6、旗政府管理和社會團體受政府及其部門委託管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
7、國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。
8、國家審計署、自治區審計廳和盟審計局授權審計的其他審計事項。
9、法律、行政法規規定應由旗審計局審計的其他事項。
（五）對旗有關部門、蘇木鎮（含嘎查、社區）黨政領導幹部及依法屬於旗審計局審計監督對象的單位主要負責人實施經濟責任審計。
（六）對貫徹執行國家財經法律、法規、規章、政策和巨觀調控措施執行情況、財政預算管理或國有資產管理使用等與國家財政收支有關特定事項進行專項審計調查；對使用國家資源、資金和貸款，或與國家稅收有關的單位進行審計調查。
（七）依法檢查審計決定執行情況，督促糾正和處理審計發現的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政訴訟或旗政府裁決中的有關事項；協助配合有關部門查處相關重大案件。
（八）指導和監督內部審計工作；核查社會審計機構對依法屬於審計監督對象單位出具的相關審計報告。
（九）承辦旗政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，旗審計局設7個內設機構：
（一）辦公室
協助局領導處理機關日常工作，協調機關政務工作；負責機關會議組織、綜合性材料的起草和信息、檔案、財務、統計、保密、安全保衛工作；承擔機關人事、勞動工資、機構編制等工作。
（二）法制審理股
負責全旗審計規章制度的草擬、修改和報批，辦理有關法制協調工作；對局機關、社會審計組織審計業務質量進行監督檢查；承擔全旗審計教育培訓規劃、計畫和機關行政應訴工作；承擔議案、提案、信訪、督察、信息公開工作；編制全旗年度審計計畫，督促審計計畫、方案落實和執行；開展審計業務方面調查研究，制訂全局審計審理覆核制度辦法，並組織實施；對局機關審計報告、決定、審計移送處理等法律文書進行審理；負責全局優秀審計項目評選工作；承擔審理委員會的日常工作。
（三）財政金融經貿審計股
負責對全旗本級預算執行情況審計；負責蘇木鎮預算執行情況和決算的審計，組織開展相關審計調查；組織審計地方金融機構資產、負債和損益；開展政府融資和貸款項目審計和審計調查；授權審計中央、自治區、盟駐旗金融保險機構資產、負債、損益情況；審計全旗國有資產占主導地位或控股企業的資產、負債、損益情況。
（四）行政事業社保審計股
審計與旗財政有撥款關係的旗委機關、人大機關、政協機關、法院機關、檢察院機關及其他黨派組織、社會團體財政財務收支；負責審計旗政府部門、直屬事業單位及其所屬單位財務收支和有關專項資金；負責審計由旗政府主管部門和受旗政府委託由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金財務收支以及各項社會福利、救災救濟、扶貧開發、優撫安置和社會捐贈等資金管理使用情況；負責審計旗政府社保資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查。
（五）農牧業與資源環保審計股
負責審計旗政府管理的農牧業專項資金、資源能源和生態環境保護資金，開展相關專項審計調查；負責審計由旗政府主管部門管理和受旗政府委託由社會團體管理的農牧林水、資源環保資金籌集、管理、使用情況；對全旗扶貧和農業綜合開發資金撥付、管理、使用情況進行審計；開展專項審計和審計調查。
（六）固定資產投資審計股
對以政府投資為主經營性項目的預算執行情況和決算進行審計，對重點建設項目進行審計監督；負責審計旗投資管理部門、國有施工企業財務收支；負責政府投資基礎設施、公益性項目預算執行和決算以及與政府投資項目直接有關的建設、勘察、設計、施工、監理、採購、供貨等單位財務收支審計監督；負責政府投資項目工程結算、竣工決算的審查和監督；審計監督政府投資項目工程招投標、契約、參建單位資質等事項；開展專項投資審計和審計調查。
（七）經濟責任審計股
承擔旗經濟責任審計領導小組和經濟責任審計工作聯席會議辦公室日常工作；草擬旗經濟責任審計工作規章制度，承擔旗政府部門負責人和預算事業單位主要負責人、國有及國有控股企業領導人任期經濟責任審計工作；承擔旗委組織部委託的其他領導幹部經濟責任審計工作。
