韋朝春，副教授，博士生導師。1996年獲北京大學數學學士，2006年獲美國華盛頓大學（聖路易斯）計算機科學博士學位。研究方向包括基因結構預測，調控模組識別，元基因組學和微生物基因組學中的模型和算法，以及GPU在生物信息學中的套用研究等。
基本介紹
- 中文名：韋朝春
- 國籍：中國
- 職業：副教授，博士生導師
- 性別：男
個人簡介,榮譽,研究方向,代表性論文,研究成果,
個人簡介
韋朝春，教授，博士生導師。1996年獲北京大學數學學士，2006年獲美國華盛頓大學（聖路易斯）計算機科學博士學位。隨後到美國微軟總部工作。2008年初至今任上海交通大學生命學院生物信息學與生物統計學系副教授，兼上海生物信息技術研究中心課題組長，2016年被評為教授。研究方向包括基因結構預測，調控模組識別，元基因組學和微生物基因組學中的模型和算法，以及GPU在生物信息學中的套用研究等。
韋朝春博士在生物序列分析尤其是基因預測領域進行了較為深入的研究，已經在PLoS Biology，Genome Research，Scientific Report，Bioinformatics，BMC Bioinformatics，PLoS ONE等國際著名學術期刊發表了一系列論文，總影響因子超過80，引用次數超過800次。其中線上蟲（C.elegans）的基因結構預測方面的結果是世界上第一個在基因水平上準確率突破60%的多細胞生物基因預測系統。在人類基因預測方面,運用統計模型通過結合比較基因組學和轉錄組學的方法使得人類基因結構預測準確率在基因水平上敏感性(Sensitivity)從15%提高到了45%，特異性(Specificity)從10%到25%左右。 通過按照基因預測結果設計生物實驗驗證基因存在性的方法，找到並證實了734個人類基因的存在性。開展了基於新一代測序數據的基因組學和元基因組學研究，特別是轉錄因子結合位點及目標基因尋找，調控因子模組尋找研究以及元基因組學研究。創建了一個基於新一代測序的元基因組數據採集和分析系統；估計出人體內腸道菌群包含超過9百萬個獨特的基因，是人體自身基因數量的400倍以上。將GPU引入元基因組分析系統，創建了元基因組序列快速分類系統，和目前最好的系統相比在準確率相似的前提下，速度提高1500倍左右。
榮譽
2009年國際基因工程機器（iGEM）大賽金獎 （Gold Medal in 2009 iGEM competition）
研究方向
研究領域為生物信息學。研究方向包括：1）基因結構預測；2）調控因子識別；3）元基因組學和病原基因組學，以及4）GPU 在生物信息學中的套用研究。
1）基因結構預測：利用統計模型和算法基因結構預測，包括可變剪下預測，重複序列對基因結構的影響，以及基因結構可變程度和相關基因疾病易感性的關聯研究等；
2）調控因子識別：轉錄因子結合位點以及目標基因尋找以及調控因子模組尋找等；
3）元基因組學和病原基因組學：基於新一代測序技術的元基因組數據採集和分析方法與系統及其套用，包括元基因組物種組成結構和基因功能組成分析系統以及基於元基因組學的未知病原鑑定系統等套用研究；
4）GPU在生物信息學中的套用：包括利用GPU加速元基因組學分析系統和高速序列比對算法等。
代表性論文
1. Zheng, G., Wang, H., Wei, C.*, Li, Y.,“iGepros: An integrated gene and protein annotation server for biological nature exploration”, BMC Bioinformatics， 2011, 12(Suppl 14):S6.
2. Jia, P. , Xuan, L. , Liu, L., Wei, C.* , “MetaBinG: Using GPUs to Accelerate Metagenomic Sequence Classification”, PLoS ONE，2011, 6(11): e25353.
3. Ling, Z., Kong, J., Jia, P., Wei, C., Wang, Y., Pan, Z., Huang, W., Chen, H., Xiang, C., “Analsysis of oral microbiota in children with dental caries by PCR-DGGE and Barcoded Pyrosequencing”, Microbial Ecology, 2010, 60(3):677-90.
4. Zhang, C., Zhang, M., Wang, S., Han R., Cao, Y., Hua, W., Mao, Y., Zhang X., Pang X., Wei, C., Zhao, G., Chen, Y., Zhao, L., “Interactions between gut microbiota, host genetics, and diet relevant to development of metabolic syndromes in mice”, ISME J, 2010, 4, 232–241.
5. The MGC Project Team, “The Completion of the Mammalian Gene Collection (MGC)”, Genome Research, 2009, 19:2324-2333.
6. Yang, X., Xie, L., Li, Y., Wei, C.*, “More than 9,000,000 Unique Genes in Human Gut Bacterial Community: Estimating Gene Numbers Inside a Human Body”, PLoS ONE, 2009, 4(6): e6074.
7. Zheng, G., Tu, K., Yang, Q., Xiong, Y., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y. “ITFP: an integrated platform of mammalian transcription factors”, Bioinformatics, 2008, 24(20):2416-2417.
8. Huang, T., Tu, K., Shyr, Y, Wei, C., Xie, L. and Li, Y. “The prediction of interferon treatment effects based on time series microarray gene expression profiles”, Journal of Translational Medicine, 2008, 6:44
9. Zheng, G., Qian, Z., Yang, Q., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y., “The Combination Approach of SVM and ECOC for Powerful Identification and Classification of Transcription Factor”, BMC Bioinformatics, 2008 Jun 16；9(1）：282.
10. Arumugam, M., Wei, C., Brown, R. H. and Brent, M. R. “PAIRAGON + N-SCAN_EST: A Model-Based Gene Annotation Pipeline”, Genome Biology, 2006, 7(Suppl I):S5.
11. Wei, C. and Brent, M. R., “Using ESTs to Improve the Accuracy of de novo Gene Prediction”, BMC Bioinformatics, 2006, 7:327.
12. Wei, C., Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R., “Closing in on the C.elegans ORFeome by Cloning TWINSCAN predictions”, Genome Research, 2005, 15:577-582.
13. Stein, L. D. Z. Bao, ..., Wei, C., ..., Waterston, R. H., “The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics”, PLoS Biology, 2003, 1(2): E45.
研究成果
1. 主持863項目一項
“基於新一代測序技術的元基因組數據採集與分析系統”，課題編號2009AA02Z310,時間2009.1-2011.12
2. 主持國家自然科學基金一項
“基因結構多變性指標及其在基因的疾病易感性研究中的套用”，項目批准號60970050，時間2010.-2012.12
3. 主持上海市科委 基礎重點項目一項
“在基因組序列中尋找複雜結構子序列模組的算法及系統研究”，課題編號08JC1416700， 時間2008.10-2010.9.
4. 主持上海市浦江人才計畫
“條件隨機場理論及其在生物信息學中的套用研究”，課題編號09PJ1407900, 時間2009.10-2011.9
