被大腦半球所覆蓋，其上有松果體，為內分泌體，哺乳類之松果體趨於縮小。在間腦腹面發出的視神經，形成交叉稱視神經交叉，其後以一柄與腦下垂體相聯。間腦腔又稱為第三腦室，十分發達。間腦壁內的神經結構主要有背方的丘腦又稱為視丘與腹面的丘腦下部。丘腦是低級中樞與大腦皮層分析器之間的中間站，來自全身的感覺衝動均集中於此處，經間腦灰質換一神經原再入大腦皮層。腹面的丘腦下部是植物神經活動中樞
