鐵路運輸收入分配是指鐵路對所屬運輸企業採取的將運輸進款進行清算分配的方法。20世紀80年代以來，鐵道部先後採取了以下幾種清算方法：按鐵道部核定的各鐵路運輸企業的換算噸公里清算單價，計算其應得收人，為了能夠清除運價的統一性和成本的個別性對各鐵路局之間利潤的影響，在運輸企業內部實行了不同的清算單價。實行“清算單價，收入分成、多超多得、調節平衡”的清算辦法，簡稱“雙掛鈎”，一方面與換算周轉量掛鈎，以鼓勵超產，另一方面與運輸進款掛鈎，以促進增收。在大部分鐵路局實行“雙掛鈎”辦法的同時，廣州、柳州、烏魯木齊三個局實行“現收抵現支”的清算辦法，運輸進款抵補運輸支出、合理留利及由部撥給基本建設投資後的差額定率上繳鐵道部。
“管內歸己、直通分配”，即凡屬於鐵路局的管內運輸收人，按實際發生額全額清算，直通運輸收人根據各局完成的客運、行包、貨運直通周轉量，按相應的清算單價分配，通過收人調節率，調節局間不均衡，支付部集中負擔的支出。目前，鐵路運輸企業實行分賬核算的運輸進款清算辦法:客運收人來自市場，貨網收人合併清算，提供服務互相清算。具體項目有客運營業收人、貨網營業收入和專項收人。其中客運營業收人包括客票與行包專列收人、列車補票及客運其他收人、提供服務清算收人；貨網營業收人包括貨運管直收人、貨運其他收人、路網直接收人、單項清算收入、提供服務收入；專項收人包括營業外單位收人、空調候車室收人和客票發展金收人。對於鐵路局各項營業收人的確認或清算，從方式上劃分為以下三種情形：由鐵道部客貨運收人清算系統確認，通過資金清算中心清算；由鐵道部財務司確認，通過上下級往來清算；由鐵路局確認，通過局間(包括局內客運與貨網之間)清算。
