鄱陽湖南磯濕地自然保護區於1997年經江西省人民政府批准為省級自然保護區，2008年1月由國務院批准為國家級自然保護區，保護區以贛江入湖口濕地生態系統作為主要保護對象。
地理位置,保護對象,
地理位置
鄱陽湖南磯濕地國家級自然保護區位於江西鄱陽湖主湖區的南部，處在贛江北支、中支和南支三大支流匯入鄱陽湖開放水域沖積形成的三角洲前緣，其主要保護對象是贛江入湖口濕地生態系統以及賴之生存的野生動植物資源。受贛江水流和鄱陽湖特殊水文相互作用，保護區水陸時空更替強烈，濕地處於快速演替之中。保護區總面積3.33萬公頃（333平方公里），整體位於南昌市新建縣境內的鄱陽湖區，包括南磯鄉的全部，以及聯圩鄉的部分湖區。
因處在贛江口與鄱陽湖的結合部，保護區深受贛江和鄱陽湖水文節律影響。春夏豐水期時，保護區被洪水覆蓋，成為鄱陽湖浩瀚水域的一部分，只有南山和磯山兩個人居島嶼出露湖面；秋冬枯水期時，水落灘出，保護區顯露為贛江三角洲的前緣，呈現河湖交錯，洲灘鑲嵌的濕地景觀。
保護區完整的河口濕地生態系統，為濕地物種提供了類型完備的棲息地，孕育了豐富的生物多樣性。
保護對象
保護區通過綜合科學考察（2003年－2005年）記錄到維管束植物443種，水生植物156種，浮遊動物111種，底棲動物62種，水生昆蟲168種，魚類58種，鳥類205種，兩棲動物11種，爬行動物23種，哺乳動物22種。
由於地處贛江、鄱陽湖和長江的關鍵節點，保護區具有良好的通江性,不僅是鯉、鯽等經濟魚類的重要產卵和育肥場所，也是長江中下游地區青、草、鰱、鱅、鰻鱺、刀鱭、鳳尾魚等洄游型魚類的主要洄游通道甚至最後的避難所，對於鄱陽湖、贛江和長江漁業資源保護與可持續利用具有重要意義。
保護區處在東亞－澳大利亞水鳥遷飛線路之中，是重要的水鳥越冬地和中繼站，在候鳥保護上具有國際意義。205種鳥類中，國家Ⅰ級保護鳥類4種：東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白鶴；國家Ⅱ級保護鳥類24種：小天鵝、白琵鷺、花田雞等；保護區觀察到猛禽15種。
保護區擁有80多種水鳥，，其中16種水鳥種群數量達到國際重要濕地的標準。列入IUCN極危物種名錄的鳥類2種，瀕危的3種，易危的7種。
列入中日、中澳政府《候鳥保護協定》的分別有107種和27種，各占《協定》種類的47%和33%。
保護區典型的入湖口濕地生態系統，是河口自然地理、水文和生態環境監測等學科的天然研究基地，是研究內陸河口濕地生態系統不可多得的場所。
由於緊鄰省會南昌，保護區是難得的科普教育基地，具有良好的生態旅遊開發潛力。
南磯濕地國家級自然保護區所處的贛江口－鄱陽湖濕地生態系統，還為淨化鄱陽湖和長江下游水質起到了重要作用，並為該地區提供了蓄滯洪水、調節氣候等多項生態服務
