軍隊審計機關職權是根據《中國人民解放軍審計工作條例》規定，軍隊審計機關的主要職權是；（1）有權檢查被審計單位的計畫、預算、決算、帳簿、憑證、報表、資財和有關檔案、資料等，被審計單位必須如實提供，不得拒絕、隱匿。凡經審計機關確定為事先審計和報審的項目，其年度決算須經審計機關審計簽章後方能核銷。財務部門如有不同意見，應與審計機關協商辦理。
（2)有權參加本單位被審計單位的有關會議。（3)有權對審計中發現的問題進行調査核實，索取證明材料，並對有關檔案、材料、實物等進行複印、複製、現場拍照、錄像，有關單位、部門和個人必須積極配合，不得設定障礙。（4)有權責成被審計單位糾正違反國家和軍隊規定的財務收支，制止損失浪費，被審計單位和有關部門不得拒絕執行。（5)對違反財經法紀的單位，有權依照國家法律和全軍有關規定，作出沒收其非法所得、凍結資財、扣抵或停止撥款、罰款等處理決定，通知和監督被審計單位和有關部門執行，被審計單位和有關部門不得拒絕執行。（6)對阻撓、拒絕和破壞審計工作的單位，必要時可以採取封存帳冊和資財等臨時措施，並追究直接責任人和有關領導人的責任。（7)通報違反財經法紀的重大案件。表揚遵守和維護財經法紀成績顯著的單位和個人。
