茄果類蔬菜是我國重要的蔬菜作物，番茄和辣椒栽培面積大、效益高。番茄栽培面積2041.5萬畝，辣椒栽培面積3209.4萬畝，分別居設施栽培面積和露地栽培面積第一位。針對我國茄果類蔬菜資源匱乏、育種周期長、選育效率低、口感風味欠佳等問題，我校組織了本領域具研發優勢的科研院所和相關企業聯合攻關，在鑑定番茄和辣椒抗病、抗逆、優質等性狀調控基因的基礎上，研創了一批實用的分子標記，建立了高效的分子標記輔助育種技術體系，創製出一批優異的種質材料，育成了多抗、優質、豐產的系列品種。
該成果率先創建了茄果類蔬菜最高效的分子標記輔助育種技術體系，提高茄果類蔬菜育種效率3倍以上。該成果克隆和鑑定了抗性和品質性狀調控基因65個，其中關鍵基因6個；在世界上首次研發出原創性的分子標記22個，其中番茄耐寒分子標記2個、耐鹽分子標記4個、抗病分子標記5個、品質分子標記6個、辣椒抗病和雄性不育分子標記5個。在國內率先開發出一套番茄實用分子標記59個，涵蓋抗病分子標記26個、耐寒耐旱分子標記6個、品質分子標記12個、產量分子標記15個；辣椒抗病分子標記6個、雄性不育恢復基因分子標記1個。該成果在世界上首創番茄高通量分子標記基因分型系統，能一次性檢測性狀位點達50個，比原有檢測技術提高效率20倍以上，提高茄果類蔬菜育種效率3倍以上，縮短育種周期3年。
該成果建立了高效的番茄、辣椒種質資源綜合評價技術體系，規模化系統地鑑定了茄果類蔬菜種質資源，創製出一批優異的核心育種材料。該成果對2750份種質資源進行系統評價，鑑定出抗病、優質的番茄、辣椒種質139份，發掘出番茄高抗青枯病顯性抗源和耐寒材料。創製新種質572份，其中優異育種種質67份，包括番茄抗青枯病種質13份，兼抗番茄黃化曲葉病毒病、根結線蟲、枯萎病種質8份，耐寒種質5份，高糖、高有機酸、高維生素C種質11份，辣椒抗TMV、CMV、疫病種質6份，複合性狀優異種質17份。
該項目利用高效的分子標記輔助育種技術和創製的優異育種材料，育成了聚合多種抗性、品質優良的番茄和辣椒新品種10個。該成果育成的‘華番12’是世界上首個兼抗青枯病和黃化曲葉病毒病的大果番茄品種，平均單果重達230g，攻克了青枯病抗性與小果連鎖的難題，成為湖北、廣西、廣東等青枯病高發地區首選品種，還被廣西、海南等番茄產區廣泛用作抗青枯病砧木品種。育成的‘金棚八號’耐低溫弱光、抗病、耐寒、中熟，連續座果能力強，果實商品率高，硬度好，貨架期長，長途運輸損耗率低。平均單果重200-250g，畝產7500-10000kg。由於耐寒性強、抗多種病害、精品果率高，成為國產抗黃化曲葉病毒病番茄品種中推廣時間最長、種植面積最大的品種。育成的‘佳美2號’，早熟、耐低溫能力強、抗病性及抗逆性強、果大皮薄肉厚口感好、連續坐果能力強、豐產。該品種占湖北省辣椒種植面積的35%，為華中地區春秋及高山種植面積最大的薄皮辣椒品種。
