戊戌變法失敗後，康有為、梁啓超為首的改良派流亡海外。孫中山主動建議兩派合作救國。但康有為固執成見，拒而不納。只有梁啓超等少部分康門弟子出面周旋，表示願意合作。1899年冬，原屬改良派的唐才常、林圭從日本回國，孫中山、陳少白、梁啓超等同席為唐、林餞行，談論合作事，頗為融洽。孫並介紹在漢口的興中會員容星橋協助唐才常舉事。梁則實際含有攘奪興中會實力的意圖。後因雙方分歧較大，合作之議遂寢。不久，楊衢雲辭去興中會會長職務，興中會和三合會、哥老會代表在香港開會，共推孫中山為總會長。別名為“興漢會”。
1900年，義和團運動迅猛高漲。6月，孫中山、楊衢雲、鄭士良一行從橫濱乘輪南下，船抵香港，在一艘舢板上召開會議，決定鄭士良率黃福等赴惠州，發動會黨舉事；史堅如、鄧蔭南入廣州謀策應；楊衢雲、陳少白留港協濟餉械。當時，英香港總督卜力陰謀支使兩廣總督李鴻章據華南“自主”，以利於英帝國主義參與分割中國，爭霸亞洲。故授意何啟慫恿孫中山率興中會員眾協助李鴻章組織“獨立”政府。孫中山雖有所疑慮，但也認為不妨一試。李鴻章則虛與委蛇，還打算以商洽合作為釣餌，誘捕孫中山。六月下旬，李鴻章奉清廷電召北上，所謂“合作”也就煙消雲散。
8月底，唐才常組編的自立軍被鎮壓。興中會聯絡的湘、鄂一帶會黨勢力因被捲入自立軍起事而全部散失。10月，鄭士良起義於惠州三洲田，轉戰半月余，因援絕械缺而敗散。11月，史堅如在廣州謀炸兩廣總督德壽，不成，被捕死難。年底，楊衢雲被清廷所派刺客殺害。次年夏，鄭士良暴病去世。興中會領導骨幹損傷過半，海外各處機構也漸次渙散。因此，孫中山自惠州一役失敗後，即有另行組織大的革命聯盟的意念。此後，興中會新建立的組織還有1902年的河內分會和1904年的舊金山分會。1905年8月同盟會成立後，興中會併入同盟會。同盟會成立前，興中會是中國資產階級民主革命運動最主要的領導者和組織者。
