本書力求全面介紹生物信息學的基本知識，側重於生物信息學研究方法的培養。本書內容緊緊圍繞套用的目的，儘可能做到深入淺出，同時也有適量的理論推導，使讀者能在理解的基礎上掌握各種方法的適用條件、套用範圍、優缺點等。對提高初學者在生物信息學研究過程中思考和解決問題的能力有極大的幫助。本書可供高校生物、化學、製藥等專業作為教材，也可供其他相關專業作為參考書。全書主要分為四部分：①計算機技術；②網路資源及其利用(包括核酸序列分析，蛋白質序列分析，基因組資料庫)；③生物信息學數據挖掘方法(統計方法，模式識別，分子模擬，結構和功能預測)；④生物信息學研究實例(脯氨酸的生物信息學研究，二硫鍵的生物信息學研究，a-澱粉酶的生物信息學研究)。
基本介紹
- 書名：簡明生物信息學教程
- 出版社：化學工業出版社
- 頁數：178頁
- ISBN：9787502584047, 7502584048
- 品牌：化學工業出版社
- 作者：張革新
- 出版日期：2006年6月15日
- 開本：16開
- 定價：25.00
內容簡介,圖書目錄,
內容簡介
本書力求全面介紹生物信息學的基本知識，側重於生物信息學研究方法的培養。本書內容緊緊圍繞套用的目的，儘可能做到深入淺出，同時也有適量的理論推導，使讀者能在理解的基礎上掌握各種方法的適用條件、套用範圍、優缺點等。對提高初學者在生物信息學研究過程中思考和解決問題的能力有極大的幫助。本書可供高校生物、化學、製藥等專業作為教材，也可供其他相關專業作為參考書。
圖書目錄
第1章 什麼是生物信息學
1．1 生物信息學的起源和特點
1．2 生物信息學內涵
1．2．1 生物信息學的科學基礎
1．2．2 生物信息學的意義
1．2．3 生物信息學的研究內容
1．3 生物信息學的研究現狀和趨勢
1．4 生物信息學的學習和實踐
1．4．1 對生物信息學學科的定位
1．4．2 對教學需求的定位
1．4．3 教學策略的定位
1．4．4 生物信息學的教材
1．4．5 生物信息學的教學方法
思考與練習
參考文獻
第2章 計算機技術
2．1 網際網路的套用
2．2 軟體的獲得和使用
2．2．1 InsightⅡ
2．2．2 GCGWisconsinPackage
2．2．3 SeqStore
2．3 編制特定的應用程式
2．4 數據管理
2．4．1 資料庫基本概念
2．4．2 資料庫體系結構
2．4．3 關係資料庫
2．4．4 資料庫的保護
思考與練習
參考文獻
第3章 核酸序列分析
3．1 核酸序列資料庫
3．1．1 GenBank資料庫
3．1．2 EMBL資料庫
3．1．3 DDBJ資料庫
3．1．4 NDB資料庫
3．2 序列資料庫檢索
3．2．1 序列比對工具
3．2．2 Entrez資料庫查詢系統
3．2．3 SRS資料庫查詢系統
3．2．4 MEDLINE文獻檢索工具
3．3 核酸二級資料庫
3．3．1 真核生物啟動子資料庫
3．3．2 基因調控轉錄因子資料庫
3．3．3 單核苷酸多態性資料庫
思考與練習
參考文獻
第4章 蛋白質序列分析
4．1 蛋白質序列資料庫
4．1．1 SWISS-PROT
4．1．2 PIR-PSD
4．1．3 NRL-3D資料庫
4．1．4 OWL資料庫
4．2 蛋白質結構資料庫
4．2．1 PDB
4．2．2 SCOP
4．2．3 CATH
4．3 蛋白質序列二級資料庫
4．3．1 蛋白質功能位點資料庫
4．3．2 蛋白質序列指紋圖譜資料庫
4．3．3 蛋白質序列模組資料庫
4．3．4 蛋白質序列家族資料庫
4．3．5 酶資料庫
4．3．6 可變剪接資料庫
4．3．7 構象參數資料庫
4．3．8 蛋白質家族資料庫
4．3．9 同源蛋白質資料庫
思考與練習
參考文獻
第5章 基因組資料庫
5．1 人類基因組資料庫
5．2 線上人類孟德爾遺傳信息資料庫
5．3 線蟲基因組資料庫
5．4 酵母基因組資料庫
5．5 其他基因組資料庫
5．5．1 大腸桿菌K12基因組資料庫
5．5．2 果蠅基因組資料庫
5．5．3 玉米基因組資料庫
5．5．4 京都基因和基因組百科全書
思考與練習
參考文獻
第6章 統計學基礎
6．1 統計推斷
6．1．1 抽樣分布
6．1．2 假設檢驗的基本方法
6．1．3 正態總體的假設檢驗
6．2 方差分析
6．2．1 單因素方差分析
6．2．2 雙因素方差分析
6．3 回歸分析
6．3．1 一元線性回歸
6．3．2 a，b的最小二估計
6．3．3 相關性檢驗
思考與練習
參考文獻
第7章 模式識別方法
7．1 遺傳算法
7．1．1 遺傳算法概要
7．1．2 遺傳算法的運算過程
7．1．3 遺傳算法的特點
7．1．4 遺傳算法的套用
7．2 人工神經網路
7．2．1 神經網路定義
7．2．2 神經網路基本原理
7．2．3 神經網路套用
7．3 支持向量機
7．3．1 統計學習理論的核心內容
7．3．2 支持向量機
7．3．3 核函式
7．3．4 支持向量機的套用
7．3．5 SVM的不足
思考與練習
參考文獻
第8章 分子模擬
8．1 分子模型可視化
8．1．1 結構模型
8．1．2 生物大分子模型
8．1．3 分子屬性的可視化
8．2 分子力場
8．2．1 基本原理
8．2．2 內坐標
8．2．3 經驗勢函式力場
8．2．4 部分分子力場簡介
8．3 蒙特卡羅方法
8．3．1 蒙特卡羅方法基礎
8．3．2 蒙特卡羅模擬算法
8．4 分子動力學方法
8．4．1 基本原理
8．4．2 數值算法
思考與練習
參考文獻
第9章 結構和功能預測
9．1 蛋白質結構預測
9．1．1 蛋白質結構的一般概念
9．1．2 從頭預測方法
9．1．3 基於知識的蛋白質結構預測
9．1．4 正誤構象的判斷
9．2 RNA的二級結構預測
9．2．1 獨立鹼基對
9．2．2 有環結構
9．2．3 提高內環計算效率
9．3 基因預測
9．3．1 核酸序列預測與鑑定的步驟
9．3．2 禁止重複序列
9．3．3 開放讀框的識別
9．3．4 CpG島
9．3．5 基因編碼區的預測
9．3．6 基因序列的從頭分析
9．4 計算機輔助藥物設計
9．4．1 直接藥物設計
9．4．2 間接藥物設計
9．4．3 組合化學與藥物設計相結合
9．4．4 抗SARS冠狀病毒藥物的設計
思考與練習
參考文獻
第10章 脯氨酸的生物信息學研究
10．1 脯氨酸肽鍵的構象
10．2 基於神經網路的脯氨酸肽鍵構象的篩選的研究
10．2．1 材料與方法
10．2．2 測試結果
10．2．3 分析與討論
10．3 基於支持向量機的脯氨酸肽鍵構象預測方法的研究
10．3．1 材料與方法
10．3．2 結果
10．3．3 討論
10．4 多聚脯氨酸-Ⅱ型的預測方法的研究
10．4．1 材料與方法
10．4．2 結果
10．4．3 討論
參考文獻
第11章 蛋白質二硫鍵的生物信息學研究
11．1 蛋白質二硫鍵研究概述
11．1．1 大腸桿菌二硫鍵的形成
11．1．2 真核生物二硫鍵的形成
11．1．3 二硫鍵形成預測
11．1．4 半胱氨酸氧化還原狀態預測
11．1．5 二硫鍵連線模式預測
11．2 二硫鍵序列分布特徵分析
11．2．1 材料與方法
11．2．2 結果與討論
11．3 大腸桿菌二硫鍵形成與基因密碼子關聯性分析
11．3．1 影響同義密碼子用語的因素
11．3．2 材料與方法
11．3．3 結果與討論
參考文獻
第12章 a-澱粉酶的生物信息學研究
12．1 不同界a-澱粉酶胺基酸差別
12．1．1 材料與方法
12．1．2 結果與分析
12．2 a-澱粉酶胺基酸含量與其最適pH的關係
12．2．1 材料與方法
12．2．2 結果與分析
12．3 a-澱粉酶最適pH的相關二肽和特徵二肽
12．3．1 材料與方法
12．3．2 結果與分析
12．4 直鏈澱粉的分子動力學模擬
12．4．1 計算參數的設定
12．4．2 結果與討論
參考文獻
1．1 生物信息學的起源和特點
1．2 生物信息學內涵
1．2．1 生物信息學的科學基礎
1．2．2 生物信息學的意義
1．2．3 生物信息學的研究內容
1．3 生物信息學的研究現狀和趨勢
1．4 生物信息學的學習和實踐
1．4．1 對生物信息學學科的定位
1．4．2 對教學需求的定位
1．4．3 教學策略的定位
1．4．4 生物信息學的教材
1．4．5 生物信息學的教學方法
思考與練習
參考文獻
第2章 計算機技術
2．1 網際網路的套用
2．2 軟體的獲得和使用
2．2．1 InsightⅡ
2．2．2 GCGWisconsinPackage
2．2．3 SeqStore
2．3 編制特定的應用程式
2．4 數據管理
2．4．1 資料庫基本概念
2．4．2 資料庫體系結構
2．4．3 關係資料庫
2．4．4 資料庫的保護
思考與練習
參考文獻
第3章 核酸序列分析
3．1 核酸序列資料庫
3．1．1 GenBank資料庫
3．1．2 EMBL資料庫
3．1．3 DDBJ資料庫
3．1．4 NDB資料庫
3．2 序列資料庫檢索
3．2．1 序列比對工具
3．2．2 Entrez資料庫查詢系統
3．2．3 SRS資料庫查詢系統
3．2．4 MEDLINE文獻檢索工具
3．3 核酸二級資料庫
3．3．1 真核生物啟動子資料庫
3．3．2 基因調控轉錄因子資料庫
3．3．3 單核苷酸多態性資料庫
思考與練習
參考文獻
第4章 蛋白質序列分析
4．1 蛋白質序列資料庫
4．1．1 SWISS-PROT
4．1．2 PIR-PSD
4．1．3 NRL-3D資料庫
4．1．4 OWL資料庫
4．2 蛋白質結構資料庫
4．2．1 PDB
4．2．2 SCOP
4．2．3 CATH
4．3 蛋白質序列二級資料庫
4．3．1 蛋白質功能位點資料庫
4．3．2 蛋白質序列指紋圖譜資料庫
4．3．3 蛋白質序列模組資料庫
4．3．4 蛋白質序列家族資料庫
4．3．5 酶資料庫
4．3．6 可變剪接資料庫
4．3．7 構象參數資料庫
4．3．8 蛋白質家族資料庫
4．3．9 同源蛋白質資料庫
思考與練習
參考文獻
第5章 基因組資料庫
5．1 人類基因組資料庫
5．2 線上人類孟德爾遺傳信息資料庫
5．3 線蟲基因組資料庫
5．4 酵母基因組資料庫
5．5 其他基因組資料庫
5．5．1 大腸桿菌K12基因組資料庫
5．5．2 果蠅基因組資料庫
5．5．3 玉米基因組資料庫
5．5．4 京都基因和基因組百科全書
思考與練習
參考文獻
第6章 統計學基礎
6．1 統計推斷
6．1．1 抽樣分布
6．1．2 假設檢驗的基本方法
6．1．3 正態總體的假設檢驗
6．2 方差分析
6．2．1 單因素方差分析
6．2．2 雙因素方差分析
6．3 回歸分析
6．3．1 一元線性回歸
6．3．2 a，b的最小二估計
6．3．3 相關性檢驗
思考與練習
參考文獻
第7章 模式識別方法
7．1 遺傳算法
7．1．1 遺傳算法概要
7．1．2 遺傳算法的運算過程
7．1．3 遺傳算法的特點
7．1．4 遺傳算法的套用
7．2 人工神經網路
7．2．1 神經網路定義
7．2．2 神經網路基本原理
7．2．3 神經網路套用
7．3 支持向量機
7．3．1 統計學習理論的核心內容
7．3．2 支持向量機
7．3．3 核函式
7．3．4 支持向量機的套用
7．3．5 SVM的不足
思考與練習
參考文獻
第8章 分子模擬
8．1 分子模型可視化
8．1．1 結構模型
8．1．2 生物大分子模型
8．1．3 分子屬性的可視化
8．2 分子力場
8．2．1 基本原理
8．2．2 內坐標
8．2．3 經驗勢函式力場
8．2．4 部分分子力場簡介
8．3 蒙特卡羅方法
8．3．1 蒙特卡羅方法基礎
8．3．2 蒙特卡羅模擬算法
8．4 分子動力學方法
8．4．1 基本原理
8．4．2 數值算法
思考與練習
參考文獻
第9章 結構和功能預測
9．1 蛋白質結構預測
9．1．1 蛋白質結構的一般概念
9．1．2 從頭預測方法
9．1．3 基於知識的蛋白質結構預測
9．1．4 正誤構象的判斷
9．2 RNA的二級結構預測
9．2．1 獨立鹼基對
9．2．2 有環結構
9．2．3 提高內環計算效率
9．3 基因預測
9．3．1 核酸序列預測與鑑定的步驟
9．3．2 禁止重複序列
9．3．3 開放讀框的識別
9．3．4 CpG島
9．3．5 基因編碼區的預測
9．3．6 基因序列的從頭分析
9．4 計算機輔助藥物設計
9．4．1 直接藥物設計
9．4．2 間接藥物設計
9．4．3 組合化學與藥物設計相結合
9．4．4 抗SARS冠狀病毒藥物的設計
思考與練習
參考文獻
第10章 脯氨酸的生物信息學研究
10．1 脯氨酸肽鍵的構象
10．2 基於神經網路的脯氨酸肽鍵構象的篩選的研究
10．2．1 材料與方法
10．2．2 測試結果
10．2．3 分析與討論
10．3 基於支持向量機的脯氨酸肽鍵構象預測方法的研究
10．3．1 材料與方法
10．3．2 結果
10．3．3 討論
10．4 多聚脯氨酸-Ⅱ型的預測方法的研究
10．4．1 材料與方法
10．4．2 結果
10．4．3 討論
參考文獻
第11章 蛋白質二硫鍵的生物信息學研究
11．1 蛋白質二硫鍵研究概述
11．1．1 大腸桿菌二硫鍵的形成
11．1．2 真核生物二硫鍵的形成
11．1．3 二硫鍵形成預測
11．1．4 半胱氨酸氧化還原狀態預測
11．1．5 二硫鍵連線模式預測
11．2 二硫鍵序列分布特徵分析
11．2．1 材料與方法
11．2．2 結果與討論
11．3 大腸桿菌二硫鍵形成與基因密碼子關聯性分析
11．3．1 影響同義密碼子用語的因素
11．3．2 材料與方法
11．3．3 結果與討論
參考文獻
第12章 a-澱粉酶的生物信息學研究
12．1 不同界a-澱粉酶胺基酸差別
12．1．1 材料與方法
12．1．2 結果與分析
12．2 a-澱粉酶胺基酸含量與其最適pH的關係
12．2．1 材料與方法
12．2．2 結果與分析
12．3 a-澱粉酶最適pH的相關二肽和特徵二肽
12．3．1 材料與方法
12．3．2 結果與分析
12．4 直鏈澱粉的分子動力學模擬
12．4．1 計算參數的設定
12．4．2 結果與討論
參考文獻
