根據
密碼子的兼併性,常用一個符號代替某兩個或者更多
鹼基。例如，編譯
丙氨酸的可以有4個密碼子：GCU\GCC\GCA\GCG,這時生物學上為了方便，用字母N指代UCAG四個鹼基，故說編譯丙氨酸的密碼子是GCN，其中N就是簡併鹼基。 通常生物學上根據蛋白質序列設計引物進行對應
DNA克隆時，由於
密碼子的兼併性，對設計的引物上的某些
鹼基就會用簡併鹼基標示，在合成時各種鹼基等量分配，也就是說，合成的
簡併引物是很多種引物的集合，其區別就在於簡併鹼基。
密碼子的簡併性簡併度：簡併引物的種類數，等於該簡併引物內所有簡併鹼基的
簡併個數之積，即共有多少種不同的引物，其中只有一條是真正可以和模板配對的。
| 簡併鹼基 | 正常鹼基 |
|---|
R | A/G |
Y | C/T |
M | A/C |
K | G/T |
S | G/C |
W | A/T |
H | A/T/C |
B | G/T/C |
V | G/A/C |
D | G/A/T |
N | A/T/C/G |
