第二次蘇丹內戰，是1955年至1972年第一次蘇丹內戰的延續。
1983年5月，因反對政府在全國實行伊斯蘭法，以約翰·加朗為首的一些南方官兵發動兵變，成立了“蘇丹人民解放軍”，開始反政府武裝活動，從而引發蘇丹第二次內戰。蘇丹人民解放運動和蘇丹人民解放軍在衣索比亞得到了有力的支持，組織並武裝了自己，使他們最終成為對抗政府的強大武裝力量。儘管他們主要是由基督教徒領導下的南方人（以丁卡人為主）組成的，但隨後北方的非阿拉伯族群和南方的自由思想者也加入進來，他們和該運動一起在為建立一個世俗的、民主的蘇丹而戰。
2005年1月，作戰雙方簽訂契約《奈洛比協定》，北方政府同意南方就獨立舉行公投，衝突基本結束。
這場戰爭主要地點是蘇丹南部，是第二次世界大戰以後平民死亡人數為最多的戰爭之一，大約有190萬名南蘇丹平民死亡，200多萬人喪生，以及超過400萬人被迫離開家園。
基本介紹
- 名稱：第二次蘇丹內戰
- 地點：蘇丹南部，努巴山脈，青尼羅河
- 時間：1983年4月—2005年1月
- 參戰方：蘇丹；蘇丹人民解放軍，南蘇丹解放運動
- 結果：簽訂全面和平協定，南蘇丹獨立
- 傷亡情況：共死亡100萬—200萬人（大多為平民）
- 主要指揮官：加法爾·穆罕默德·尼邁里；約翰·加朗，薩爾瓦·基爾·馬亞爾迪特
戰爭背景,古代,近現代,戰爭過程,第一階段,第二階段,戰爭結果,和平談判,聖靈抵抗軍,蘇丹公投,
戰爭背景
古代
遠古時期，蘇丹的土地是非洲黑人的世界；封閉、原始的黑人以部族的方式，生存、繁衍在尼羅河的兩岸。7世紀開始，饑荒將阿拉伯人逼上了這片土地；從此以後，阿拉伯人向尼羅河兩岸的遷徒，就從來沒有停止過；蘇丹的阿拉伯人總人口為1365萬，占全國人口的39%。遷徒到尼羅河的阿拉伯人，帶來了崛起的伊斯蘭文化；信奉拜物教、基督教的黑人和信仰伊斯蘭的阿拉伯人，從文化和信仰上開始發生衝突。
生產力、生產關係極端落後的黑人部族，受到阿拉伯人的歧視；長期以來，黑人被作為阿拉伯人的奴隸被自由的買賣；在奴隸市場上，一個黑奴的價格，最多相當於三隻山羊。黑人被當作商品，於是、就不斷發生著黑人部族被阿拉伯遊牧部落血洗的事件，反抗的成年黑人被殘忍地屠殺；女人和兒童被擄，或成為阿拉伯人的黑奴，或被成批的販賣到其他國家；自從阿拉伯人來到尼羅河，兩個種族的鬥爭就從來也沒有停息過。
近現代
蘇丹的社會大致由三類人群構成：第一類、是7世紀開始，從阿拉伯半島遷徒到這裡的阿拉伯人，大約占總人口的40%；第二類、是歷史上來自中非、西非的遊牧民族，定居在這裡的部落，大約占總人口的10%；第三類、就是這裡的原始居民——蘇丹的黑人部落，大約占總人口的50%，其中的一半以上，是土著的非洲黑人。
在歷史上，撒哈拉大沙漠以南的地區，是非洲黑人的領地；蘇丹、是阿拉伯語，其原意就是“黑人的國家”；不斷遷徒到尼羅河兩岸的、代表先進文化的阿拉伯人，從蘇丹北部開始，逐漸將黑人向南部地區擠壓；尤其是阿拉伯人領導的馬赫迪起義，趕走過英國殖民者，使蘇丹曾經成為歷史上第一個獨立的阿拉伯王朝，阿拉伯人無論從文化上和生產力上，都無可爭議地成為這塊土地上最先進的民族；無論是法國人、土耳其人、英國人統治時期，都不得不將阿拉伯人作為依靠的對象。蘇丹獨立時，英國和埃及又將蘇丹的政權移交到了阿拉伯人手中；於是、蘇丹一次又一次地推行伊斯蘭化運動，被穆斯林視為異教徒的蘇丹黑人，始終處於被歧視、被奴役的苦難之中。
1955年蘇丹醞釀獨立，北部的阿拉伯人接管了政權，並將阿拉伯語作為蘇丹唯一的國語，在向黑人占90%以上的南部地區派出的幾百名官員中，只有四名黑人；在英國統治時期，受過英語教育的黑人精英，被排斥在政治決策層之外；原本極度擔心奴隸貿易制度捲土重來的南方黑人，對新生的國家機器徹底失去了信心。“南方獨立運動”開始在黑人組成的南方軍隊中醞釀。
1955年9月，以南方黑人為主的部隊拒絕被調往北方的命令，公開譁變，發動了武裝叛亂。蘇丹軍界的黑人，紛紛逃亡南方，加入了叛亂隊伍，形成了一支足以和政府軍抗衡的武裝力量。剛剛獨立的蘇丹，不是調整政策，緩解民族矛盾；而是非常不明智地採用了鎮壓的手段；於是、蘇丹內戰不可避免地爆發了。
1985年尼邁里下台後，伊斯蘭極端組織穆斯林兄弟會成立了一個基礎廣泛的伊斯蘭政黨———全國伊斯蘭陣線。它在1986年議會選舉中成為議會第三大黨。該組織的伊斯蘭主張得到巴希爾（Umar Hasan Al-Bashir）將軍的認可和強化，而他以“拯救國家革命”為名，於1989年6月30日發動政變奪取了政權。起初，他聲稱雖然他與全國伊斯蘭陣線共享伊斯蘭主張，但和該組織並沒有關係。
1983年南北方重新敵對後，宗教和國家的關係問題，尤其是伊斯蘭法《沙里亞法》的作用問題，已作為衝突的中心因素而顯現。衝突雙方的宗教信仰決定了各自的認同。對北方人而言，伊斯蘭不僅是他們的一種信仰和生活方式，而且是他們同阿拉伯國家聯結的文化和種族認同。而對南方人來說，伊斯蘭不僅僅是一種宗教，它還是一種作為種族、民族和文化現象的阿拉伯主義，它排斥作為非洲黑人及基督教徒和本土宗教徒的南方人。蘇丹的種族問題不只是一個膚色和相貌的官能問題，還是一種思想，一種自我感知：北方人自視為阿拉伯人，不管他們的膚色有多么黑。
宗教決定著蘇丹南北方人的認同。南方人反對伊斯蘭化和阿拉伯化，促進了其基督教認同。南方人現把本土文化、基督教以及西方文化的共同元素結合起來，以對抗伊斯蘭教和北方強加給他們的有關阿拉伯認同。北方的伊斯蘭學者阿卜杜·瓦哈布·阿芬迪（Abd al-Wahhab al-Affendi）指出了蘇丹的宗教困境：伊斯蘭教和蘇丹北方的民族主義之間的緊密結合無疑剝奪了伊斯蘭教在蘇丹南方的優勢。當北方受到這些問題的困擾時，蘇丹人民解放軍的非洲民族主義吸引力在北方也受到了類似問題的制約。強烈認同阿拉伯傳統的蘇丹北方人沒有受非洲民族主義誘惑的危險。但是同樣地，伊斯蘭意識形態肯定是非穆斯林所無法接受的。
此外，兩種敵對文化觀點的衝突還有跨越國界的含義，因為兩個認同群體沿著各自的宗教和種族路線同非洲內外保持著密切聯繫，這樣的聯繫潛在地擴大了衝突範圍。阿拉伯-伊斯蘭世界在蘇丹北方看到了必須支持並已支持的認同。也正因為如此，蘇丹南方成了基督教界、西方國家、甚至猶太復國主義的一個支持對象。反過來，這又給阿拉伯-伊斯蘭世界同北方的團結提供了一個堅實的基礎。另一方面，黑非洲從蘇丹南方的困境中看到了必須反抗的屈辱的種族壓迫。蘇丹的確存在阿拉伯-伊斯蘭同非洲的潛在衝突。無疑，蘇丹既是不同認同之間的連結點，也是這些不同認同之間的對抗點。
戰爭過程
第一階段
1983—1989
1983年，由於伊朗伊斯蘭革命的影響。蘇丹下令取消對南方自治區自治地位，硬要在南方基教地區實行伊斯蘭教法。正在南方任司令的加朗一怒之下，率部起義。打響了蘇丹內戰的第一槍。加朗將自己的武裝按照中國軍隊的名稱命名為“人民解放軍“（PLA）。外界稱為“蘇丹人民解放軍”（SPLA）。
由於蘇丹南方地廣人稀，政府軍兵力不足，分散部署更削弱了自己的戰鬥力，加上當地草原、熱帶雨林、山區、沼澤各種地形盤根交錯，地形十分複雜善於打游擊。加朗利用這個特點，在南方的廣大地域打起了游擊戰。
1983年11月7日，加朗率部突襲了重鎮馬爾萬，消滅城中的政府軍。並趁勝包圍納賽爾城，將全城封鎖了7天，占領了一部分城區。蘇丹政府軍與埃及空軍派出米格-21等戰機空襲人民解放軍。當時人民解放軍缺乏防空兵器，加朗為保存實力，撤圍轉移。這場戰役中，人民解放軍用少量的高炮擊落政府軍一架直升機。
蘇丹政府軍企圖奪回馬爾萬。加朗指揮部隊擊敗蘇丹政府軍的進攻，政府軍地面部隊損失慘重外，陣亡400多人外，還損失了三架直升機。馬爾萬戰役的勝利讓人民解放軍聲望大振，政府軍中的南方黑人紛紛開小差前來投效。到1984年初，通過收編政府軍的逃兵，人民解放軍達到了5個滿編營共5000人。部隊多為前政府軍正規軍，而且武器精良。人手一枝AK-47自動步槍或RPG-7火箭筒。還從政府軍手中繳獲了不少薩姆-7防空飛彈，擁有了防空力量。
1984年2月8日，人民解放軍利用政府軍兵少分散部署弱的缺點。僅2天圍攻就拿下了馬拉卡拉。到了4月，又多個孤立的政府軍據點被人民解放軍攻陷。政府軍派出飛機搜尋轟炸人民解放軍，反被擊落2架米格-21。
到了雨季，北方與南方的通路被大水切斷。人民解放軍趁機又奪下了政府軍剩餘的據點，政府軍被孤立在幾個大城市的飛地里。為了給被圍的政府軍送補給，蘇丹政府從外國引起了6架運輸機，其中2架被送給蘇丹海軍作為蘇丹海軍巡邏機。其餘用於向南方空運補給。另外，在向南方運送補給時，蘇丹政府還啟用了C-130運輸機和安-12運輸機。
1985年2月，3500名人民解放軍分兵兩路包圍朱巴。當地政府軍和民兵防衛堅固。人民解放軍屢攻不克。加朗果斷改變策略，趁蘇丹政府軍全力援救朱巴後方空虛之機，率部下乘著豐田卡車，機動突襲了政府軍約博馬和伊羅勒。兩地的政府軍千餘人被全殲，損失巨大。此事驚動了喀土穆，尼邁里因這此失敗下野。
南方人民解放軍趁北方政治混亂之機。加劇攻勢。奪下了更多的政府軍據點，所有躲在據點內的政府軍都被分割殲滅。1985年4月14日，一架政府軍的水牛型運輸機被人民解放軍擊落，機上4名飛行員喪生。
1985年7月，人民解放軍放出警告，因為蘇丹政府用民航客機運送兵員，如果政府軍繼續這一行徑，人民解放軍不得不將民航客機作為打擊目標。1986年8月16日，人民解放軍將警告付諸實施，用從政府軍手中繳獲的薩姆-7飛彈擊落一架蘇丹民航客機，機上70人無一生還。
1985年底。蘇丹政府做了一個錯誤的決定，他們向南方的認為是親政府的部落放發包括中國56式衝鋒鎗，俄羅斯AK-47等在內的大量武器。想實施南方人打南方人的政策。結果這搬起石頭砸了自已的腳。南方部落拿到武器後就加入人民解放軍。蘇丹政府花巨資購買的武器反過來裝備了自己的敵人。
1986年，政府軍主力集中起來，準備在1986年開年向人民解放軍發動大規模攻勢。不料，人民解放軍先發制人發起攻勢，消滅了阿多克地區的政府軍，隨後他們又重創了朱巴的政府軍。
利比亞見政府軍屢戰屢敗，便希望蘇丹與人民解放軍達成停火。4月4日，政府軍一架水牛型運輸機在人民解放軍司令部博爾地區被擊落。機上的16名遇難者中有7人是政府負責與人民解放軍官員。這一事件讓調解努力徹底失敗。之後，人民解放軍打下了瓦烏市。
1986年11月，屢敗屢挫的政府軍集中5000人的兵力，配以大量的坦克和裝甲車，發起大規模攻勢。卻又一次敗在加朗的人民解放軍手下。損失數百人，十多輛T-55坦克和裝甲車被擊毀。
1987年年初，雙方圍繞著瓦烏重組兵力，準備再次展開決戰。5月11日，一架政府軍C-130運輸機被人民解放軍的薩姆-7地對空飛彈擊落，機組5人全部遇難。機上的軍用物資被人民解放軍繳獲。由於連戰皆捷，到1987年人民解放軍的兵力已達22000人。
1988年初，人民解放軍發起代號為“光明之星“的大規模進攻。蘇丹政府軍頑強抵抗，還匆忙將從利比亞援助的米格-23戰鬥轟炸機投入作戰。仍不能抵抗人民解放軍的攻勢，朱巴、瓦烏、托里特爾、馬拉卡爾、本秋、烏瓦勒、倫拜克、亞勒、納賽爾、阿庫巴、耶伊、博爾馬里迪、穆那德里等南方各座城鎮均陷入人民解放軍之手。到了7月，加朗宣布，整個南方已被人民解放軍解放。此時南方人民解放軍已有44000多人。
第二階段
1989—2002
1989年，巴希爾軍政府軍上台。他主張在蘇丹施行比尼邁里更加極端的宗教主義。 到了1991年，蘇丹巴希爾政府得到了伊朗和利比亞這些伊斯蘭反美國家的支持，而蘇丹南方人民解放軍得到了肯亞和烏干達、衣索比亞這些基督教國家的支持。黑非洲各國都將加朗視為頂住蘇丹伊斯蘭革命風暴的支柱。
巴希爾在以往的歷次戰爭失敗中引取了教訓，採取了三大措施：
一是整頓軍隊內部，加強宗教極權。
1991年4月中旬，巴希爾政府宣布粉碎一次政變，20名軍官被處決。8月中旬，國民黨、民主聯合黨等一批主張伊斯蘭世俗化的軍官準備政變，計畫立即處決巴希爾和宗教領導人圖拉比，宣布取消國家伊斯蘭法。推行面向阿拉伯國家的外交政策。結果被偵破，8月20日，包括10名現役軍官、一批退役軍官和前教育部長巴克里·阿代爾，民主聯合黨領導成員前衛生部長艾哈邁德·巴希爾等人被逮捕。1992年2月，又一起政變被破獲，41名軍官被捕，100餘名指揮官被撤換。
二是花巨資改善軍隊裝備。
1991年和1992年，蘇丹政府與中國、伊朗、白俄羅斯等國簽署了一系列軍火協定，耗資4億多美元。購置了大量軍火。除了原先從利比亞蘇聯處得到的T-55坦克、美國M41、M47、M60外，還從中國購進了62式輕型坦克、59式坦克。還有蘇制T-62坦克和大批飛彈、機槍、大炮。空軍方面，從中國購買了12架殲-7戰鬥機，從利比亞討來了12架米格-23戰鬥轟炸機，蘇丹政府軍空軍還將老的8架米格-21戰鬥機從單座改造成雙座，以適應於對地攻擊。海灣戰爭時，有大批伊拉克飛機為躲避轟炸逃到伊朗，伊朗將這其中10架米格-23飛機提供給蘇丹。1992年起，伊朗人又提供了22架殲-7戰鬥機。殲-7隻需簡單的維護和保養，十分適合於蘇丹航空技術人員缺乏的國情。蘇丹空軍的殲-7、殲-6、殲-5戰鬥機的維護工作由中國技術人員負責，而蘇制米格-21、米格-23等飛機由白俄羅斯技術人員負責。伊朗人也提供了一些技術和零件。
三是仿效伊朗革命衛隊模式建立民防軍
民防軍由國家工作人員和各地的學生工人組成，共約10萬餘人。除維持治安外，主要協助政府軍對人民解放軍發動“聖戰”。
1991年，人民解放軍內部就是否要向北方進軍，推翻巴希爾政府發生了分裂，以納賽爾派為首的一批幹部認為，本軍隊沒有實力消滅北方政府，而加朗主張北伐。當年6月和7月，一萬多“納賽爾”派脫離加朗。9月初，人民解放軍再度分裂，3位納塞爾派領導人拉姆·艾庫爾、里克·馬歇爾、卡比努·阿爾卡圖向BBC記者談話時宣布脫離加朗，又有1萬人脫離加朗。此時加朗雖仍掌控人民解放軍，但手下的部隊僅有3萬人。
1991年10月，加朗提出“將戰火擴大到北方”。開始北伐。11月，為了北伐後方安全，人民解放軍向被圍在南方最後一座飛地朱巴的政府軍發起圍攻。整個城市遭到猛烈炮擊。該城有2萬政府軍，並防守堅固。人民解放軍儘管重創了當地政府軍，但未能得手。同時，對朱巴北面一個政府軍營地的進攻也失敗了。
巴希爾軍政府準確利用了加朗的失誤和人民解放軍內部的分裂。準備開始反攻南方。
1992年初，政府軍在殲-7等戰鬥機的支援下擊退了進攻達爾富爾州和科爾多凡州的兩股人民解放軍。1992年2月低，利用旱季，兵分3路，開始向南方上尼羅河州、加扎勒河州和赤道州的人民解放軍發起強大攻勢。第1路負責在上尼羅河州沿尼羅河兩岸和蘇丹埃塞邊境進軍。第2路負責消滅加扎勒河州的人民解放軍。第3路負責消滅赤道州西部塔姆布拉的人民解放軍。然後回師直搗該州東部托里特城的人民解放軍指揮部。為保障作戰需要，政府軍開闢了從喀土穆到朱巴的空中橋樑和中部州（原白尼羅河省）庫斯提至上尼羅河州馬拉卡爾的水上通道。
一開始，政府軍進攻較順利。3月9日，波查拉城被拿下，這是人民解放軍的一個後勤供應中心，4月4日，克位於白尼羅河州、加扎勒河州、赤道州交界處的博爾城。這是加朗的故鄉，也是人民解放軍的革命搖籃。4月10日，11日和16日，先後又攻占艾庫、伊魯勒、馬格里、沙姆比等 7個戰略要地。到7月下旬，又連克數城，包括托里特城。為鞏固成果，蘇丹政府吸取過去“旱季得手，雨季丟失”的教訓，採取穩紮穩打的戰術，占領一城，由民防軍負責城防、維持治安、加強宗教宣傳。
巴希爾希望把戰場上的優勢轉為政治上的優勢。1992年6月1日，巴希爾軍政府和人民解放軍代表舉行了軍政府上台以來的第3次直接談判。但軍政府拒絕在極端宗教政策上作出讓步，會談無果而終。
旱季攻勢儘管政府軍奪回了南方各主要城鎮，可是人民解放軍損失不大，主力尚存。許多城鎮都是加朗主動放棄的。雨季一到，政府軍與北方的通道被切斷，馬上主動權就易手到了加朗的手中。7月後，人民解放軍發起了幾次小規模反攻，消滅幾支政府軍孤立之敵。7月18日，政府軍一架直升機在托里被擊落。兩天后，2架殲-7戰鬥機被人民解放軍防空火力在同一天擊落。同日，一架安-212運輸機被擊落。7月15日還有一架C-130H因天氣惡劣墜毀在朱巴附近。
巴希爾稱：“1993年是決定性的一年，將最後解決內戰。”1992年間，人民解放軍對朱巴發起一系列進攻。給政府軍造成重大損失，但未能奪下該城。1993年開始，先前分裂的納賽爾派人員逐步返回人民解放軍。人民解放軍實力逐步恢復還不斷壯大。1993年巴希爾的最後一年的攻勢根本沒有發生，反而南方的馬拉卡爾和朱巴城被人民解放軍再次包圍。這時，蘇丹因為支持烏干達的邪教恐怖組織“聖靈抵抗軍”。烏干達陳兵兩國邊境，蘇丹不得不將大批部隊調到烏干達和蘇丹的邊界。這樣對付南方人民解放軍的政府軍兵力不足。
1995年6月26日，埃及總統穆巴拉克在埃塞首都險些遇刺，刺客被擊斃。但主謀是藏在蘇丹的三名埃及恐怖組織頭目。1996年1月31日，安理會通過決議，要求蘇丹交出3名頭目，並對其制裁。1998年美國駐肯亞使館爆炸案發生後，美軍用巡航飛彈攻擊了喀土穆一個懷疑用作生化武器實驗的製藥廠。肯亞美國使館爆炸案是蘇丹內戰的轉折點，美國原先並不直接支持蘇丹南部的人民解放軍。但美國決定向人民解放軍提供食物、帳篷和探雷排雷器等人道主義物資。蘇丹政府為了躲開制裁，為了讓美國不再支持南方人民解放軍。便將與肯亞爆炸案有關的賓·拉登及部下驅逐出境，沒收了他的所有在蘇丹的資產。並通知美國總統柯林頓，賓·拉登飛機飛離蘇丹的時間和航線，美軍如果要將其擊落或迫降隨你們的便。不料，柯林頓擔心這樣“不審訊就將賓·拉登擊斃會使自己陷入法律糾紛，遭到謀殺指控”。竟令中央情報局座視賓·拉登的飛機安全飛到阿富汗避難。另外，蘇丹政府下令關押了蘇丹宗教精神領袖圖拉比。可是美國對蘇丹政府長期支持恐怖組織仍是心懷不滿，繼續向人民解放軍提供非戰爭援助。
從1996年起，人民解放軍擁有了一種威力巨大的防空兵器，薩姆-14防空飛彈。人民解放軍共從政府軍手中繳獲了約50具薩姆-14。1996年2月26日，政府軍一架C-130被擊落，機上91人全部遇難。3月19日1架米格-21被擊落，僅一天后，又一架安-26飛機被擊落。就在4月10日，一架AB-212被擊落時，蘇丹人民解放軍取得一次戰役勝利，他們消滅了一百多名政府軍並摧毀了得到政府軍支持的烏干達邪教武裝聖靈抵抗軍的總部。
1997年12月，政府軍派出一股特種部隊企圖襲擊烏干達境內的人民解放軍營地，但這次冒險以慘敗收場，70名政府軍特種部隊成員全部被殺。此外，12月9日，一架殲-7被擊落，飛行員喪生。
1998年12月，政府的第一副總統祖貝爾·穆罕默德·薩利赫及26名隨從所搭乘的飛機在納塞爾降落時滑出跑道，落入索巴特河中。
政府軍接下來發起了一場大規模的進攻，第1師在空軍的支持下企圖破壞人民解放軍在南部加扎勒河州的社會基礎。政府軍野蠻地實施了三光政策，到處燒殺擄掠。數百萬人被迫逃離家園，大批平民在政府軍的進攻、炮擊和轟炸中遇難。恰在當時，蘇丹正發生可怕的饑荒，喀土穆蓄意阻止人道主義援助進入，從2月4日到3月31日，約10萬平民死於飢餓。這場人道主義災難超過了當時的波士尼亞。在國際壓力下蘇丹政府同意為人道主義援助提供便利。但在以後3年時間內，蘇丹政府的安東諾夫運輸機改造的轟炸機經常轟炸人道主義組織設在蘇丹的人道主義援助機構、學校、教堂和平民目標。這是因為人民解放軍裝備了防空飛彈，空襲代價慘重，政府軍便轉而轟炸民用目標。想通過南部平民的傷亡來迫使人民解放軍作出讓步。
2001年4月4日，蘇丹國防部長及13名高級官員所乘的客機因沙塵暴失事。而國防部長易卜拉欣·沙姆斯上校是巴希爾的忠實支持者，在政變中立下過汗馬功勞。而且多年來他一直將全部精力放在南方戰場上，十分熟悉南方戰場。他和13名高官的死使人民解放軍少了一個勁敵，卻是巴希爾政府的一個重大打擊。
2002年1月23日，政府軍在努巴地區的小規模攻擊被擊退，人民解放軍趁勝襲擊了駐紮在烏拉烏施的政府軍據點。作為報復。政府軍的安東諾夫飛機向一個村莊投下6枚炸彈。炸死2名兒童。2月24日，政府軍的兩架米-24武裝直升機向聯合國糧食計畫署設在一個村子中的供應中心發射火箭和機槍。17名平民和援助人員被打死，100多人受傷。這一事件引起國際社會強烈譴責，西方國家加大壓力，巴希爾總統被迫宣布停止轟炸平民和人道主義目標，並逮捕審判飛行員，十三名飛行員成了替罪羊被槍決。同時，下令謀求與人民解放軍和解。
2002年3月29日，政府軍南方產油中心克尼爾-迪據點被人民解放軍攻陷。300名守軍戰死6輛裝甲車和一批槍枝彈藥被人民解放軍繳獲。4月25日，一支人民解放軍的百人突擊隊突襲了蘇丹北部希拉的一個機場，摧毀了18架政府軍飛機，包括一些安東諾夫運輸機。並打死32名政府軍士兵，抓走了基地司令易卜拉欣·布沙拉·伊斯梅爾。6月9日，人民解放軍一舉打下東赤道省首府卡波埃塔，200名政府軍戰死。其餘3000名政府軍逃入沙漠，大部分人渴死熱死在沙漠中。該城失守至使南方政府軍與北方大本營之間的後勤補給線被切斷。此後，政府軍在南方各個孤立據點和城市的守軍紛紛投降。南方除朱巴以外重新完全落入人民解放軍手中。最後蘇丹政府同意在南方實現自治。政府軍撤出在南方的最後一個飛地朱巴，人民解放軍隨即進駐。人民解放軍的爭取自治的戰爭取得了完全勝利。
戰爭結果
和平談判
迫於內戰戰場越來越不利於政府軍，以及外交處境孤立，特別是來自美國的壓力，2003年7月，巴希爾總統突然宣布放棄一貫堅持的“先停戰、後談判”的立場，同意與蘇丹人民解放軍舉行停戰談判。雙方從10 月30日開始在奈洛比郊區舉行秘密會談。第5天，南方代表提出了加朗設計的“一個國家、兩國政府”的邦聯方案：把蘇丹國土均分為南北兩部分，北為“北蘇丹國”，南為“南蘇丹國”；政府軍撤出南方，成立一個民族團結政府；南方實行自治的過渡期為2年，最後由南方各部族就南北分合問題舉行民意公決。但政府方面拒絕“邦聯方案”，雙方的首次停戰談判就此擱淺。
蘇丹副總統塔哈和該國南部反政府武裝蘇丹人民解放運動領導人加朗於2005年1月9日在肯亞首都奈洛比正式簽署了一項包含關於過渡期軍事安排的協定、財富分配與國家權力分配的協定以及全面停火協定等全面和平協定。該協定的簽署，宣告了這場非洲歷時最長的內戰的結束，千百萬蘇丹人有了回歸家園創造新生活的機會，不僅如此，期待中的和平將賦予蘇丹這個石油蘊藏豐富卻滿目瘡痍的國家振興的機會。
該全面和平協定共由8個附屬協定組成，都是和談雙方在過去兩年里陸續達成的。協定規定，內戰雙方正式停火後，蘇丹將經歷為時6年的過渡期，過渡期結束後，蘇丹南部省份將就是否獨立舉行全民公決。過渡期內雙方將在中央和地方權力部門共同分享權力。其中，來自蘇丹政府的人員占52%，蘇丹人民解放運動人員占28%，國內其他政治派別占20%。蘇丹人民解放運動領導人加朗將在過渡期內擔任蘇丹第一副總統。過渡期內，雙方還將平分以石油為主的國家財富資源。
聖靈抵抗軍
曾得到蘇丹政府支持在烏干達作亂而且參與政府軍鎮壓人民解放軍的“聖靈抵抗軍“，在蘇丹政府和人民解放軍實現和平後，就成了棄兒。美國中央情報局和烏干達、肯亞和蘇丹南部政府軍隊（就是人民解放軍）協同，對聖靈抵抗軍進行圍剿，已將其大部消滅。
蘇丹公投
2011年1月9日，蘇丹將迎來一次具有決定性意義的公民投票。如果投票通過，這個國家將一分為二，南部地區大約四分之一的土地和人口將有可能獨立。蘇丹南部公民投票委員會2月7日在喀土穆正式宣布蘇丹南部公投的最終結果，在1月舉行的蘇丹南部公投中，98.83%的選民支持南部地區從蘇丹分離，1.17%的選民支持國家統一。
蘇丹南部公投委員會主席伊卜拉欣·哈利勒在當晚舉行的記者招待會上宣布的最終結果，根據該結果，有379.25萬名選民投票支持分離，4.48萬名選民支持統一。蘇丹總統巴希爾7日早些時候已經宣布承認和接受蘇丹南部公投的最終結果。
根據蘇丹北南內戰雙方2005年達成的《全面和平協定》（《奈洛比協定》），蘇丹南部地區舉行的公投，2011年7月9日南蘇丹宣布獨立，成為非洲大陸第54個國家。
