相對生物有效性，是指兩種條件下化學物質的生物有效性的比值。包括同一暴露途徑下兩種類型化學物質的生物有效性之間的比值、兩種暴露途徑下某種化學物質的生物有效性的比值或者某種形態構型的化學物質的生物有效性與標準物質的生物有效性的比值等。相對生物有效性僅描述兩種不同條件下生物有效性之間的關係，其值可能大於也可能小於100%。
例如，某種化學物質可以通過皮膚和腸道被吸收，即使在任一途徑下該物質被吸收的量僅占總量的5%，當這兩種途徑下的生物有效性相等時，相對生物有效性就是100%。人體健康風險評估中經常用到這一概念。由於化學物質和土壤類型眾多以及缺少化學物質的相關數據等，多數情況下很難得到相對生物有效性的值。在沒有充足的證據或通過科學的推導無法得出明確的值時，通常假設其為100%。
