異源同源基因是由於基因在不同物種間的橫向轉移而產生的。異源同源基因在原核生物中研究比較多。最近研究表明，異源同源基因的原位取代xenolo-gous gene displacement in situ)是細菌進化的強大推動力。另外，在比較真核基因組和原核生物基因組時發現，小部分脊椎動物基因在細菌中有同源序列，而在其他真核生物中卻沒有發現同源序列。
一種解釋認為，這些基因從細菌直接水平地轉移到脊椎動物的祖先，也是異源同源基因;另外一種解釋則認為，是由於其他的真核生物丟失了這些基因。在物種分化之後產生橫向同源基因的稱"內橫向同源基因";在物種分化之前產生橫向同源基因的稱"外橫向同源基因"。 "內橫向同源基因"和"外橫向同源基因" 只是一種相對的劃分，取決於所研究的系統和選作標準的某特定分化事件。
