這種生物早在1949年就被發現了,不過,那時它被認為是一種原始的渦蟲。此後也有研究認為這是一種軟體動物(Noren & Jondelius,1997),不過它的身體構造卻與軟體動物有極大的差異。 直到2003年根據DNA研究的結果,異渦蟲被確認為一類獨立的後口動物,並確認其主要以軟體動物的卵為食品,正因為如此,導致大量軟體動物的DNA混入其標本中,從而導致此前被誤認為是軟體動物。經過更加詳細的研究後,建立了僅有異渦蟲的異渦動物門(Bourlat et al., 2006)。異渦蟲根據18S rRNA被分在後口動物基部。