物權性質的土地承包經營權設立登記性質為二元，包括：(1)家庭承包的土地承包經營權設立登記為行政管理登記；(2)其他承包方式的物權性質的土地承包經營權設立登記為物權登記。
行政管理登記,物權登記,
行政管理登記
土地承包經營權的登記，是指縣級以上地方人民政府依法將土地的權屬、用途、面積等情況登記在專門的簿冊上，同時向承包方頒發土地承包經營權證、林權證等證書，以確認土地承包經營權的法律制度。
“對於農村家庭承包取得的土地承包經營權，《農村土地承包法》沒有採取批准、登記辦法。”為了切實保護廣大農民的土地權利，根據我國農村社會的實際情況，同時為減輕批准、登記可能給農民帶來的負擔，《農村土地承包法》第二章“家庭承包”第22條規定，實行家庭承包的，“承包方自承包契約生效時取得土地承包經營權”。
為了確保農戶的土地承包經營權，防止其他單位和個人侵害農民的土地承包經營權，真正使廣大農民放心，《農村土地承包法》第23條第1款規定：“縣級以上地方人民政府應當向承包方頒發土地承包經營權證或者林權證等證書，並登記造冊，確認土地承包經營權。”這裡《農村土地承包法》第23條第l款規定的“登記”不屬於民法上的不動產物權登記(物權性質的土地承包經營權變動登記。”土地承包經營權的設立登記本質上只是一種行政管理登記而非物權登記，該項登記不是土地承包經營權設立的公示方式。”由人民政府向承包方頒發土地承包經營權證書，是確認承包方的土地承包經營權的行政行為，具有法定性、權威性。土地承包經營權證、林權證等證書，是承包方對其承包的土地擁有土地承包經營權的合法憑證，受國家法律的保護。由人民政府向承包土地的農戶領發土地承包經營權證書，是真正落實“賦予農民長期而有保障的土地使用權”的精神、穩定土地承包關係、保護農民土地承包經營權的一項重要措施。一方面，農民手裡拿到土地承包經營權證書，心裡才更加放心，有利於維護廣大農民的合法權益，鼓勵承包農戶增加對土地的投入，提高農業生產水平。另一方面，也有利於促進土地承包經營權依法、自願、有償流轉，提高土地利用水平和土地產出率。
物權登記
不動產物權登記是有關國家專職部門依申請人的申請，按照法定程式將不動產上的種種物權變動事項記載於登記簿的事實行為。不動產物權登記的效力，指的是登記這一法律事實對當事人的不動產物權所賦予的實際作用，它是整個登記制度的核心。關於不動產物權登記的效力，不動產物權因法律行為而取得、變更或喪失，都可以稱為依法律行為而發生的物權變動。現代各國有登記對抗主義、登記要件主義、托倫斯登記主義等三種立法體例，並與相應的依法律行為的不動產物權變動模式有關。
《物權法》第9條第1款確定了不動產物權登記效力的基本規範：“不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記，發生效力；未經登記，不發生效力，但法律另有規定的除外。”《物權法》既堅持了登記要件主義的原則，同時又通過“但書”規定，為適用登記要件原則的例外的采登記對抗(對抗善意第三人)主義留下了空間，可謂確立了不動產物權登記效力原則的二元體系：一是采登記要件(生效)主義，即不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅不登記不生效；一是要登記對抗主義，即不登記不得對抗善意第三人。
《農村土地承包法》第三章“其他方式的承包”第49條規定：“通過招標、拍賣、公開協商等方式承包農村土地，經依法登記取得土地承包經營權證或者林權證等證書的，其土地承包經營權可以依法採取轉讓、出租、入股、抵押或者其他方式流轉。”通過其他承包方式，其土地承包經營權只有進行依法登記，承包方才取得物權性質的土地承包經營權。這裡《農村土地承包法》第49條規定的“登記“屬於民法上不動產物權登記要件(生效)主義的登記，不登記不發生物權效力(承包方不能取得物權性質的土地承包經營權)。原最高人民法院副院長黃松有在就《最高人民法院關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》答記者問中指出：“《解釋》第二十條首先從權利性質方面區分，如果一方已經依法登記，則該人享有的是一種物權性質的權利。其他未進行依法登記的僅為契約權利，在性質上屬於債權”。可見，通過其他承包方式，其土地承包經營權只有進行依法登記，承包方才取得物權性質的土地承包經營權。這裡《農村土地承包法》第49條規定的“登記”屬於民法上的不動產物權登記(物權性質的土地承包經營權變動登記)。
