博物館的陳列大樓就建在當年首批葡萄牙人登岸的地方，在博物館前地人們可靜靜地觀賞河流以及供奉“娘媽”天后的道教廟宇，“娘媽” 是漁民所信奉的保護神。這一帶以往稱為阿媽閣“A MA KAO”後來成為澳門名字的起源。博物館就好像一艘獨特的船，停泊在漁民聚居的內港的入口處，它潔白的外牆仿如一艘三桅船張開的帆，而它的玻璃窗則令人聯想起一個又一個的瞭望台。昔日的一號碼頭已被列作博物館的設施，並成為休閒場所，遊客可在這偌大的廣場瀏覽，觀賞一下四周的風景，更可在水池玩搖控模型船。遊客還可坐上模擬潛水器一探深海的奧秘，又或者登上一艘真正的帆船，在恬靜的河上享受一次難忘的海港游。博物館內充滿著大海的氣息：售票處之下擺放著一缸色彩斑爛的金魚，牆上一幅巨型瓷磚畫是以人手繪製，刻劃著名各種羅盤方位標。館內有一幅浮雕，刻有葡萄牙航海家到達的情形；還有數幅不朽作家的油畫，此外，還放置了多件由博物館船舶模型工場按比例精心製作的模型船。一些展櫃更備有視聽裝置，其中部分更可讓遊客親自參與。博物館內附設一個小型商店，售賣博物館出版的刊物、地圖、陶瓷、航海設備、砌圖、T恤以及其他一些物品能使您回憶起這個有趣而難忘的博物館。此外，博物館還設定一部電腦城市指南，為外地遊客提供一些最新及最感興趣的資料。
