清代晚期兵器工業的管理體制基本沿襲清代前期的模式，由朝廷六部中的兵部、工部、戶部按職費分工，分別對各省製造兵器的機器局廠行使管理職權。
兵部,工部,戶部,
兵部
主管全國軍事行政，是朝廷督理各省兵器製造的工作部門之一。兵部下設武庫司，分掌兵器製造。據1882年(光緒八年)淸廷頒布的《各省軍需善後報銷章程》規定，各省機器局修制各項軍火數目應先報兵部備案，各省所造軍器、火藥須將各部隊領用情況，分別造冊，向兵部開銷，各省機器局裝運物料、解運軍火的搬運費歸兵部報銷，兵器製造由兵部定式，移工部督造。1903年12月，清廷成立練兵處，督練新軍，有關兵器製造工作由兵部移交練兵處督理。1906年11月，兵部改名陸軍部,將練兵處和太僕寺併入,練兵處督理全國兵器製造職能亦隨練兵處併入陸軍部。陸軍部設軍實司，下轄兵器製造、保儲二科，由練兵處軍政司之器械科、兵部之武庫司、工部之兵器製造業務合併改組而成。其編制為31人,其中司長1人,承發官1人，制進、保儲二科各設科長1人，一、二、三等科員16人，繪圖員、藝師、藝士各1人,錄亊8人。無論兵部、練兵處、陸軍部督管兵器製造期間，各省機器局廠的生產組織工作,均由各省督撫負責。
工部
主管全國各項工程、工匠、屯田、水利、交通、營造等工作，也是朝廷督造兵器的部門。工部下設虞衡司，分理有關兵器製造工作。凡各省機器局建造房屋、購買機器及兵器製造所需各項物料經費，均由工部核銷。1906年11月工部併入商部改名農工商部後，原工部分管有關兵器製造的職能移交陸軍部承擔。
戶部
主管全國疆土、田地、戶籍、稅收、財政等工作，是朝廷督理各省機器局經費收支的部門。各省機器局的常年經費、添購機器所需經費須提前報戶部立案，事後方準報銷。各省機器局每年收支，需編造四柱(舊管、新收、開除、實在〉清冊報戶部審查，機器局員司、工匠等薪水、工食由戶部核銷。1906年11月，戶部改名度支部，督理各省機器局收支的職責未變。
1909年（宣統元年）7月
