水運項目間接效益是指又稱“水運項目外部效益”。水運項目建設給水運產業以外社會及其他有關部門帶來的效益。主要包括：項目開發水資源綜合利用帶來的效益，如發電、灌慨、排澇、城市生活、水產養殖等方面的效益；項目建設地區的社會經濟發展效益，如礦產等新資源開發、工業園區的形成、促進地區文化教育、增加就業和人民收入等；軍事與國防效益；其他如促進民族團結、提高國家聲譽等。
間接效益又稱外部效益，是指除項目直接效益外，對社會產生的其他效益。例如，建設鋼鐵廠必須修建場外運輸系統，場外運輸系統主要為鋼鐵廠服務，但在滿足鋼鐵廠運輸需要的同時，當地的工農業生產亦得到了好處。
